Polytechnicien, ingénieur des ponts et chaussées, Jean Maroger commence sa carrière politique en 1939, comme sénateur de l'Aveyron. Le 10 juillet 1940, il vote les pleins pouvoirs au maréchal Pétain. Il dira : « j'ai conscience de n'avoir pas voté sous la puissance des baïonnettes, ni sous l'empire de la peur, ni à l'instigation d'un complot ou moins encore pour renverser la République. Et je revendique la pleine responsabilité de mon vote. »
En dépit de ce vote, il rejoint vite la Résistance.
Industriel en électricité, il met à la disposition de l'Organisation de Résistance de l'Armée (ORA) des ingénieurs pour interrompre le transport de courant et saboter des pylônes électriques. Il intègre également le groupe des « sénateurs résistants ». Ces différentes actions lui valent d'être relevé de son inéligibilité par le Jury d'honneur, par une décision du 1er octobre 1945.
Après avoir été élu conseiller général de l'Aveyron la même année, il entre au Conseil de la République le 7 novembre 1948, dans les rangs des républicains indépendants.
Il reprend une carrière de parlementaire très actif, essentiellement tournée vers les questions financières d'outre-mer et européennes.