Nommé depuis peu de temps ministre de l'instruction publique, Jules Ferry dépose le 15 mars 1879, jour anniversaire de la loi Falloux, le projet de loi relatif à la liberté de l'enseignement supérieur (GIF - 122 Ko) à la Chambre des députés. Ce texte s'inscrit dans le programme du nouveau ministre, soustraire l'enseignement de la tutelle de l'Église, et fait suite à une violente campagne de presse au sujet des laïcisations des écoles congréganistes par le conseil municipal de Paris, laïcisations autorisées par une circulaire de 1878.
Pour les Républicains qui soutiennent Jules Ferry, le dépôt de ce projet de loi est la conséquence du long conflit qui, depuis 1870, oppose l'opinion républicaine et ce qu'ils appellent « la contre-révolution » et dont le point d'orgue fut la crise du 16 mai 1877. Ils soupçonnent les jésuites d'en avoir été « l'âme». Les opposants au Gouvernement prétendent, au contraire, qu'il n'y a pas eu le moindre conflit entre l'opinion républicaine et religieuse depuis 1870 et que ce texte apparaît surtout comme « des représailles » après la crise du 16 mai.

Ce projet de loi comporte deux volets : la suppression de garanties accordées par la loi de 1875 aux établissements libres de l'enseignement supérieur et l'interdiction d'exercice de l'enseignement aux membres des congrégations non autorisées. Dans la première série de mesures, figure le retrait de la collation des grades décernés par des jurys composés de professeurs d'écoles libres et publiques. Apparaît également l'obligation pour les étudiants de prendre leurs inscriptions dans les établissements publics et la gratuité de celles-ci. Enfin, le texte réserve aux seuls établissements de l'État les noms de faculté et d'université. Toutefois la partie la plus importante de ce projet de loi réside dans l'article 7. Il ne constitue pas réellement une innovation mais plutôt la restauration d'une législation antérieure : l'interdiction d'enseigner aux personnes appartenant à une congrégation non légalement établie en France.

(GIF - 188 Ko)Déposé le 15 mars 1879, le projet de loi est discuté à la Chambre des députés du 16 juin au 9 juillet, date à laquelle il est adopté dans une version peu différente du texte initial. Transmis au Sénat, il est renvoyé devant une commission présidée par Jules Simon qui en devient également le rapporteur. Quatre rapports sont déposés : par Jules Simon les 8 décembre 1879, 13 janvier 1880 et 23 février 1880, et par Jules Pajot le 24 janvier 1880 qui porte plus particulièrement sur les pétitions contre ce texte.

Le projet de loi est inscrit à l'ordre du jour de la Chambre Haute le 23 février 1880. Après treize jours de débats, le texte, amputé de l'article 7, est adopté le 9 mars. Une seconde délibération, de pure forme, intervient le 15 mars : le Sénat confirme sa décision précédente. Le projet de loi retourne alors à la Chambre des députés le 16 mars 1880 où il est adopté le jour même sans modification, sans discussion et sans enthousiasme.