La commission chargée d'examiner ce projet de loi a siégé du 30 juillet 1879 au 6 février 1880. Au terme de ses travaux, les neuf membres se sont divisés en trois fractions. La première, composée de quatre membres, était favorable à l'ensemble du texte, mais une majorité s'étant formée contre l'article 7, elle n'a donc pas souhaité accepter le projet de loi ainsi amputé. La deuxième composée de trois membres a rejeté l'ensemble du texte. Et enfin, la troisième composée de deux membres aurait accepté de voter le projet à l'exception de l'article 3 portant sur l'inscription obligatoire des étudiants dans les établissements publics, et de l'article 7.

Jules Simon, son président et rapporteur, explique ainsi la teneur un peu particulière de son rapport : « les deux fractions qui composent la majorité de sept voix ne pouvaient s'entendre pour nommer un rapporteur car elles ont émis un vote commun à la fin des travaux, pour des raisons et avec des espérances absolument opposées. L'une rejette la rédaction de la commission à cause de ce qui s'y trouve et l'autre la rejette à cause de ce qui ne s'y trouve plus. Le rapporteur, choisi nécessairement dans la minorité, n'a plus qu'un parti à prendre : c'est d'exposer avec la plus stricte impartialité les motifs des trois opinions qui restent en présence. »