2. Les travaux des agences du Congrès peuvent cependant affaiblir les positions politiques des parlementaires
Cette crédibilité est cependant à double tranchant pour le Congrès, et surtout pour sa majorité (actuellement républicaine).
En premier lieu, il existe à court terme un dilemme entre l'indépendance, l'objectivité et la crédibilité des travaux, d'une part, l'efficacité et l'utilité de ces travaux pour les décideurs publics. Par exemple, il peut être tentant pour les experts du GAO de satisfaire les parlementaires concernés en répondant à une commande rapidement et dans le sens souhaité, au détriment de la rigueur scientifique et de l'objectivité, donc de la réputation de l'institution, d'où l'existence de procédures de contrôle interne très strictes. Cependant, ces procédures ne sont pas sans conséquences en termes de délais, donc d'utilité, quand bien même les conclusions du GAO corroboreraient les intuitions des parlementaires.
En second lieu, les résultats des travaux du GAO, du CBO et dans une moindre de mesure du CRS, peuvent parfois de facto contredire les thèses avancées par les parlementaires et saper les fondements de certains textes soutenus par la majorité du Congrès, d'autant plus que l'audience médiatique des agences du Congrès est considérable : les travaux du GAO sont ainsi évoqués au moins une fois par semaine dans l'un des trois grands journaux télévisés du soir (sur les chaînes hertziennes nationales), et sont cités près d'une centaine de fois par jour dans la presse.
Ce problème se pose avec une acuité particulière au CBO dans le cadre de sa mission de scoring : les évaluations du CBO peuvent en effet constituer un obstacle à l'adoption de mesures soutenues au départ par la majorité du Congrès.
Cette situation ne devait guère prêter à conséquences jusqu'au début des années 1990. En effet, aux États-Unis comme en France, les débats budgétaires n'avaient alors pas l'importance qu'ils prirent au cours de la dernière décennie. En outre, le Congrès demeurait relativement peu « clivé » : par exemple, les démocrates du sud, relativement conservateurs, votaient fréquemment avec les républicains, et nombre de parlementaires modérés étaient très indépendants.
Cela n'est toutefois plus le cas.