F. LES LABORATOIRES : UNE NÉCESSITÉ ET DES CLARIFICATIONS
1. Une configuration décidée par le législateur
Lors de l'examen de la loi du 1 er juillet 1998, le législateur s'est décidé en faveur de l'intégration de l'ensemble du CNEVA (Centre national d'études vétérinaires et alimentaires), au sein de la nouvelle agence, l'AFSSA. Cette décision a été précisée dans les termes suivants (art. L 1323-1 du code de la santé publique : « Dans le cadre du Centre national d'études vétérinaires et alimentaires, placé en son sein et géré par elle, l'agence fournit l'appui technique et scientifique nécessaire à la mise en oeuvre des mesures prévues par le code rural.
Pour l'accomplissement de ses missions, les laboratoires des services de l'Etat chargés du contrôle de la sécurité sanitaire des aliments et ceux qui leur sont rattachés sont mis à disposition de l'agence en tant que de besoin. (anc. Art. L. 794-1, I) ».
Cette intégration, dont le caractère « contingent » a été souvent souligné (cf. infra) a permis de constituer au sein de l'AFSSA un ensemble de laboratoires qui, dès le début du fonctionnement de la nouvelle agence, lui a donné les moyens nécessaires aux missions d'appui scientifique et technique et aux tâches de recherche qui lui ont été fixées, au-delà de l'évaluation des risques sanitaires des aliments.
En effet, la loi a explicitement énoncé que l'agence devait exercer des missions de recherche puisque l'article L. 1323-2, 5° du code de la santé publique dispose que l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments : « mène, dans le respect du secret industriel, des programmes de recherche scientifique et technique dans les domaines du génie vétérinaire, de la santé animale, du bien-être des animaux et de leurs conséquences sur l'hygiène publique, ainsi que de la sécurité sanitaire des aliments. A cette fin, elle mobilise ses propres moyens ou s'assure le concours d'organismes publics ou privés de recherche ou de développement, d'universités ou d'autres établissements d'enseignement supérieur, de collectivités territoriales ou de personnes physiques ».
De plus, le décret du 26 mars 1999 prévoit que le conseil scientifique de l'agence « concourt à la définition de la politique nationale de recherche en matière de sécurité sanitaire des aliments. A cet effet, il peut formuler des recommandations sur toute question scientifique et technique entrant dans le champ de compétence de l'établissement. Celles-ci sont transmises au directeur général et au Président du conseil d'administration ».
L'AFSSA est donc en charge de fonctions d'appui scientifique et technique et de missions de recherche, en particulier à travers les laboratoires dont elle a été dotée, sans qu'il y ait une coïncidence exacte entre le champ de compétence de l'Agence dans ces domaines et celui qui est le sien en matière d'évaluation des risques.
En outre, les activités relatives à la santé animale ont une place particulièrement développée, compte tenu notamment du fait que le CNEVA, a été intégré à l'Agence dans sa totalité. L'existence au sein de l'AFSSA d'un directeur chargé de la santé et du bien-être des animaux, nommé par arrêté du ministre de l'agriculture, sur proposition du directeur général, illustre cette particularité.
Aux laboratoires du CNEVA s'est ajouté le laboratoire d'hydrologie situé à Nancy qui lui relevait jusque-là de la DGS (Direction générale de la santé) et qui a été intégré directement à la structure de l'AFSSA. Les treize laboratoires de l'AFSSA sont répartis sur dix sites dont celui de Maisons-Alfort qui en compte trois. Sur les 900 agents de l'AFSSA, 684 soit 76 %, sont affectés aux laboratoires.
Cette situation particulière comporte des atouts pour l'Agence, et c'était le but recherché, même si la décision a été prise sans préparation à une très faible majorité (une voix au Sénat), et fortement discutée avant l'adoption définitive. Elle comporte aussi des contraintes qui, l'expérience le montre, sont gérables. L'AFSSA caractérise d'ailleurs elle-même cette situation dans son document « La recherche, missions et politique de l'AFSSA ; orientations 2002/2005 » :
« La coexistence de missions générales d'évaluation des risques, de missions de recherche et des missions d'appui scientifique est une originalité dans le dispositif sanitaire français : l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments est la seule agence issue des modifications législatives des dix dernières années à avoir la majorité de ses moyens et de ses effectifs situés dans des laboratoires qui accomplissent des activités de recherche et d'appui scientifique et technique.
Si cette originalité peut être source de difficultés, liées à la conciliation de fonctions différentes au sein d'un même établissement, elle représente également un atout essentiel qu'il convient de valoriser au mieux et de conforter. Elle permet en effet d'instaurer des interactions réciproques entre ces différents métiers de manière sans doute plus rapide, plus souple et plus fructueuse que s'ils étaient exercés dans des institutions différentes.
A l'appui de cette vision, il faut souligner qu'à l'étranger, d'autres organismes ayant des responsabilités dansle champ de la sécurité sanitaire ont développé des activités de rechercher dans leurs laboratoires (c'est le cas notamment de la FDA aux Etats-Unis) ou disposent de moyens spécifiques pour développer la recherche dans d'autres organismes (c'est le cas par exemple de la Food Standards Agency en Grande-Bretagne). (...)
Il convient enfin de souligner que les activités de recherche peuvent être un moyen privilégié de maintien d'un bon niveau scientifique pour d'autres activités. C'est ainsi que dans son analyse du fonctionnement du laboratoire d'hydrologie avant son rattachement à l'AFSSA par le décret du 26 mars 1999, l'Inspection générale des affaires sociales avait déploré que ce laboratoire se soit progressivement coupé des problématiques de recherche dans son domaine de compétence et avait évoqué le retentissement de cette situation sur la qualité des autres activités du laboratoire ».
Ces observations sont d'autant plus intéressantes que dans la perspective de clarifications inévitables, les configurations les plus diverses, quelque peu éloignées de ce tableau, sont avancées.