2. Les opérations dans les Balkans
La stabilisation des Balkans à la suite de l'éclatement de l'ex-Yougoslavie a constitué le premier terrain d'intervention de l'OTAN. Cette dernière est en effet apparue comme l'outil permettant une implication américaine d'autant plus nécessaire que les Européens ne disposaient pas des moyens d'intervenir seuls.
En Bosnie-Herzégovine , l'opération de l'OTAN s'est déroulée sur une durée totale de neuf ans, démarrant avec la mise en place de la force de mise en oeuvre (IFOR) de l'accord de Dayton, qui comportait initialement 60 000 hommes. L'amélioration rapide de la situation sécuritaire a permis de passer fin 1996, avec la force de stabilisation (SFOR), à un effectif plus réduit, de l'ordre de 32 000 hommes. Destinée à consolider la transition, cette présence militaire a été progressivement réduite pour se limiter, en 2004, à une force résiduelle de dissuasion de 7 000 hommes. L'opération a depuis lors été transférée à l'Union européenne (opération Althea), la SFOR se transformant en EUFOR.
En Macédoine , l'OTAN est intervenue en août 2001 à la demande du président Trajkovski pour mettre fin à l'insurrection armée de groupes albanophones et favoriser la reprise du dialogue politique entre les différentes parties. Cette mission, qui a mobilisé 3 500 hommes durant le premier mois mais en comptait moins de 1 000 par la suite, a été reprise par l'Union européenne en avril 2003.
Au Kosovo , l'OTAN a tout d'abord conduit du 23 mars au 10 juin 1999, sans mandat explicite des Nations unies mais dans la lignée de plusieurs résolutions mettant en garde le gouvernement yougoslave, l'opération « Force alliée » procédant à des frappes aériennes sur le territoire de la République fédérale de Yougoslavie avant d'y déployer des forces terrestres. Première opération de guerre jamais conduite par l'OTAN , cette campagne aérienne pourrait aussi, selon certains commentateurs, rester unique en son genre , compte tenu des enseignements qu'en ont tiré les principaux protagonistes.
D'une part, comme l'a expliqué plus tard le général Wesley Clark, qui commandait l'opération en sa qualité de commandant suprême des forces alliées en Europe ( SACEUR ), le commandement s'est considéré entravé dans sa marge de manoeuvre par la nécessité d'approbation des cibles, par une organisation multilatérale fonctionnant par consensus. D'autre part, dans les faits, l'opération s'apparentait davantage à celle qu'aurait menée une coalition ad hoc dirigée par les Etats-Unis. La conduite de la campagne relevait essentiellement d'un directoire informel constitué des principaux alliés, laissant peu de prise aux instances où siégeaient l'ensemble des pays membres. Par ailleurs, les Etats-Unis disposaient de leur propre chaîne de commandement, distincte du commandement OTAN, et ont maintenu un certain nombre de forces et de missions sous contrôle strictement américain.
À la fin du conflit, l'OTAN s'est vue confier par le Conseil de sécurité des Nations unies la responsabilité d'une présence internationale de sécurité au Kosovo (KFOR) . Les effectifs de cette force, qui s'élevaient initialement à près de 50 000 hommes, ont pu être progressivement ramenés à environ 15 500 hommes aujourd'hui. Destinée à garantir le maintien d'un environnement sûr, dans le cadre de la résolution 1244 du Conseil de sécurité visant à doter le Kosovo d'une « autonomie substantielle », cette force a cependant été confrontée en mars 2004 à de violentes émeutes, particulièrement au contact entre la zone majoritairement peuplée de Kosovars serbes et le reste de la province. La force a été restructurée pour permettre de faire face plus rapidement à ce type d'incidents, grâce à une plus grande mobilité des contingents et à la constitution d'une force de réserve tactique. L'évolution de la KFOR est liée au règlement du statut final du Kosovo. La proposition du médiateur de l'ONU pour le Kosovo, M. Ahtisaari, prévoit le maintien d'une présence militaire internationale jusqu'à ce que les institutions kosovares soient capables d'assumer elles-mêmes tout l'éventail des responsabilités en matière de sécurité.
Aucune échéance n'est envisagée pour un éventuel transfert de la mission de la KFOR à l'Union européenne , mais celui-ci serait dans la logique de la mise en place d'un nouveau statut. Le Kosovo serait ainsi l'ultime opération de l'OTAN dans les Balkans, la priorité essentielle aujourd'hui étant accordée à l'Afghanistan.