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Les enjeux de la biologie de synthèse (Rapport)

15 février 2012 : Les enjeux de la biologie de synthèse (Rapport) ( rapport de l'opecst )

2.- COMMENT CONCILIER LE PARTAGE DU SAVOIR ET LES PRINCIPES DE LA PROPRIÉTÉ INTELLECTUELLE INDISPENSABLES À L'INDUSTRIALISATION ?

a) La promotion de l'idée de communauté de savoir et de l'innovation

Les méthodes d'élaboration de la BS favoriseraient cette idée de communauté et de savoir, à laquelle plusieurs entreprises ont déjà adhéré.

1° Une idée que favoriseraient les méthodes de la biologie de synthèse

Cette idée serait au coeur du registre des bio-briques puisque, selon Andrew W. Torrance, le registre vise à créer une communauté open source ou plutôt open access biology d'ingénieurs en biologie et de biohackers 195(*), que reflètent et encouragent les termes du BioBrick Public Agreement affiché sur le site de la Fondation. Ce texte rappelle que l'accord constitue un cadre légal destiné à garantir la libre mise à disposition des bio-briques standardisées. Les contributeurs s'engagent à renoncer à toute propriété intellectuelle. Quant aux utilisateurs, ils se voient garantir l'accès aux briques du registre.

Il est également significatif que Richard Jefferson, à l'origine de l'initiative BIOS (Biological Open Source), souligne la nécessité d'instaurer un mouvement d'open source dans le domaine de l'innovation biologique, afin que le public et les innovateurs du secteur public soient dotés des outils, des plates-formes et des paradigmes qui permettent des innovations rapides et efficaces dans les sciences du vivant et qui concernent les priorités négligées et de nouvelles opportunités196(*).

De même, présentant la base de données Patent Lens, Richard Jefferson indique qu'elle n'est pas seulement une base de données sur les brevets accordés par l'USPTO et les Offices de brevets européen et australien. Elle comporte également une dimension pédagogique, l'objectif étant de créer une ressource d'apprentissage que les acteurs du système d'innovation à tous les niveaux - scientifiques, ingénieurs, entrepreneurs, juristes, citoyens et décideurs politiques - peuvent utiliser pour s'informer des enjeux et de l'état de l'art de la recherche, sur des sujets susceptibles d'améliorer l'action publique ainsi que la création d'emplois innovants.

Dans une perspective différente, Joachim Henkel et Stephen Maurer, chercheurs américains, soutiennent que la BS contient la quasi-totalité des éléments qui ont contribué au succès de Linux197(*). En premier lieu, l'approche de la BS fondée sur les briques met l'accent sur l'importance de la modularité, en permettant au travail de création d'une base de données de briques de s'appliquer à de nombreuses entreprises. Cela permet également aux entreprises de dégager des bénéfices en brevetant certaines briques, tout en mettant d'autres briques à disposition. En second lieu, ces mêmes auteurs suggèrent que, du fait de la particularité des besoins en briques de chaque entreprise, les entreprises les plus avancées peuvent partager leurs briques sans perdre leur avantage compétitif, compte tenu de leur avance technologique. Enfin, les entreprises ont des expertises diverses, ce qui permet de supposer que des briques fondées sur le principe communautaire peuvent être plus efficaces que si elles sont dédiées à une entreprise isolée. Finalement, le marché de la BS concernerait un grand nombre de petits consommateurs au profil particulier, ce qui rendrait le brevet moins lucratif et, par conséquent, l'ouverture plus attractive.

Pour illustrer ce point de vue, Joachim Henkel et Stephen Maurer citent le cas d'entreprises de biotechnologie ayant adhéré au principe de l'open access biology.

Il faut signaler une initiative récente, très intéressante, prise par une soixantaine de chercheurs issus d'organismes de recherche et universités du monde entier198(*) visant à mettre en place une métabase de données commune à tous les chercheurs. Pour la France, Magali Roux, directrice de Recherche au CNRS au Laboratoire d'Informatique de Paris VI CNRS-UPMC, précise le contexte : « Les e-sciences sont les sciences qui se fondent sur la production et l'utilisation de grands volumes de données numériques ; parmi elles, la biologie est entrée dans l'ère du numérique199(*) avec le développement des approches dites à haut-débit (notamment, sciences "omiques"). »

Avec le développement de standards200(*) et de procédures de qualité, les données produites par les laboratoires publics intéressent beaucoup d'utilisateurs potentiels et l'accès à ces données constitue des enjeux importants, quel que soit le point de vue considéré :

- scientifique (volume, hétérogénéité, complexité sont - notamment - des verrous pour l'utilisation des données),

- économique, avec le partage, la réutilisation (éviter, notamment, de reproduire des expériences identiques), éducation et formation (utilisation des données pour la formation),

- sociétal, avec les enjeux liés aux données personnelles, expérimentation animale, société de la connaissance, etc.

Des communautés scientifiques se créent pour faciliter l'utilisation et le partage en développant des formats et outils visant à assurer leur interopérabilité201(*). Toutefois la plupart des scientifiques, s'ils approuvent le libre accès aux bases de données, sont peu enclins à communiquer les ressources produites, fût-ce au terme d'une période suffisante permettant leur exploitation. Il s'agit donc de trouver les conditions de protection des producteurs de données tout en facilitant le partage et la réutilisation. Magali Roux propose d'utiliser le cadre défini ci-après202(*), pour créer un Metadata Registry, qui permettrait l'identification des ressources (données), soit centralisées soit réparties sur leurs sites de production. Ce Metadata registry (registre de données publiques) pourrait être géré par une autorité publique ; ainsi les utilisateurs pourraient contacter via l'autorité (ou directement) le producteur pour connaître les conditions d'utilisations (licence, collaboration, etc.).

Ce type d'organisation est défini comme un clearinghouse qui permet :

- aux producteurs et aux utilisateurs de ressources de se trouver,

- d'établir une fédération basée sur la confiance en agissant sur le pivot de cette confiance : ce sont les membres de la fédération qui produisent/échangent les certificats (et les résilient).

Cette organisation est donc hautement contrôlée avec les utilisateurs et les producteurs de données qui définissent soigneusement :

- ce qui est partagé,

- qui est autorisé à accéder,

- les conditions d'utilisation (libre, licence, collaboration scientifique, etc.).

L'organisation :

- est basée sur un réseau sécurisé de ressources distribuées,

- utilise des procédures automatiques de sécurité.

Cette initiative internationale (à laquelle participent la Chine, les États-Unis, l'Inde, les pays d'Europe dont la France avec 4 équipes de recherche) démontre que la communauté scientifique des chercheurs publics se structure dans le domaine des biosciences et, singulièrement, dans celui de la biologie de synthèse, et est capable d'organiser à la fois le partage et la protection des données. Cette initiative de mise en place d'un registre international des données scientifiques me paraît tout à fait bénéfique à l'équilibre public/privé de la bioéconomie.

2° L'adhésion de certaines entreprises de biotechnologie aux principes de l'open access biology

Joachim Henkel et Stephen Maurer se réfèrent à l'initiative prise en 1999 par dix entreprises pharmaceutiques de fonder le SNP (Single nucleotide polymorphisms) Consortium et de publier dans le domaine public des données sur le génome humain, de telle sorte que leurs concurrents ne puissent pas, par le dépôt de brevets, instaurer des monopoles. De même, Pfizer a décidé de divulguer le contenu de ses méthodes de découverte de médicaments en cours. Syngenta a partagé ses données sur le génome du riz. Quant à Novartis, il a publié sur Internet la carte du génome des gènes en cause dans le diabète de type 2.

Enfin, en mai 2010, Glaxo a décidé d'autoriser l'accès au design de 13 500 molécules chimiques en mesure d'inhiber l'agent du paludisme. Les données de Glaxo sont hébergées par trois sites, dont deux sont financés par des fonds publics (américain et européen). Le troisième est un site privé (Collaborative Drug Discovery), situé dans la Silicon Valley. L'accès à ce site est gratuit. Tout chercheur qui s'y enregistre a accès aux descriptions graphiques des molécules de Glaxo et aux données chimiques et biologiques pertinentes. La base permet également aux chercheurs de télécharger leurs propres données, afin qu'elles puissent être accessibles à leur tour aux autres chercheurs203(*).

Précédemment, Glaxo avait participé à la mise en place de Tropical Disease Initiative, évoquée plus haut204(*), et avait mis des molécules provenant de Pfizer à la disposition de chercheurs réunis dans l'organisme à but non lucratif Drugs for Neglected Disease Initiative, déjà cité.

Ces entreprises imitent ainsi l'exemple de certains géants du secteur de l'informatique, comme IBM, qui ont également accepté de jouer le jeu de l'open source, même si dans le cas d'IBM, celui-ci s'est vu reprocher d'être revenu en 2010 sur l'engagement qu'il avait pris en 2005 de renoncer à invoquer 500 de ses brevets à l'encontre de logiciels libres205(*).


* 195 Andrew W. Torrance, «Synthesizing law for synthetic biology», Minnesota Journal of law, science and technology, 2010, article précité.

* 196 Richard Jefferson, «Science as Social Enterprise», the CAMBRIA BIOS Initiative, Innovations, automne 2006.

* 197 Joachim Henkel et Stephen Maurer, «The economics of synthetic biology, Molecular Systems Biology», Volume 3, 2007.

* 198 «Toward interoperable biosciences data», Sansonne et al., Nature Genetics, volume 44(2), February 2012, cf. tome II, Annexes.

* 199 «Biologie : l'ère numérique », Magali Roux (dir.) CNRS éds., Paris (2009).

* 200 «Biologie systémique - standards et modèles», Magali Roux (dir.) Omniscience, Paris (2007).

* 201 op.cit.

* 202 «Biologie : l'ère numérique », Magali Roux (dir.) CNRS éds., Paris (2009).

* 203 «Glaxo Tries a Linux Approach», The Wall Street Journal, 26 mai 2010.

* 204 Cf. encadré sur les principaux autres systèmes d'open source, p. 139.

* 205 pro.01net.com/editorial/514993/ibm-hausse-le-ton-face-a-turbohercules