3. Le cas particulier des mutuelles gérant un régime obligatoire de sécurité sociale
Pour des raisons d'ordre historique (existence d'un mouvement mutualiste puissant au moment de la création de la sécurité sociale en 1945), certains groupements mutualistes participent à la gestion des régimes obligatoires d'assurance maladie. Les mutuelles d'une certaine importance peuvent être habilitées en qualité soit de correspondants locaux, soit de sections locales, pour la gestion du régime général ( art. L. 211-3 et L. 211-4 du code de la sécurité sociale ).
S'agissant du régime d'assurance maladie obligatoire des exploitants agricoles, les articles 1106-1 et suivants du code rural prévoient que les exploitants agricoles peuvent être assurés, à leur choix, soit par les caisses de la mutualité sociale agricole, soit par des mutuelles du code de la mutualité ou des institutions de prévoyance, soit par tous autres organismes d'assurance. Pour la gestion du régime obligatoire des travailleurs non salariés non agricoles, les caisses mutuelles régionales confient le soin d'assurer pour leur compte l'encaissement des cotisations et le service des prestations soit à des organismes régis par le code de la mutualité, soit à des organismes régis par le code des assurances, conventionnés à cet effet ( art. L. 611-1 et R. 611-124 et suivants du code de la sécurité sociale ).
Dans le cadre des régimes spéciaux de sécurité sociale des fonctionnaires et des étudiants, le service des prestations est obligatoirement assuré par des mutuelles du code de la mutualité, qui créent à cette fin des sections locales ( art. L. 712-6 et L. 381-9 du code de la sécurité sociale ).
Ces sections constituent des services de la mutuelle, sans autonomie juridique mais dont la comptabilité doit être séparée de celle des autres activités de la mutuelle.
Les mutuelles chargées de la gestion de régimes obligatoires d'assurance maladie reçoivent, pour cette activité, des remises de gestion versées par les caisses primaires d'assurance maladie ( art. R. 252-11 et R. 712-1 du code de la sécurité sociale ).
Pour leurs autres activités, et notamment leur activité d'assurance, les mutuelles peuvent bénéficier de subventions. D'une part, en effet, il existe un fonds national de solidarité et d'action mutualistes, qui, notamment, " contribue aux dépenses de promotion et d'éducation mutualistes ainsi que, sous forme de prêts, aux réalisations sociales mutualistes " ( art. L. 522-1 du code de la mutualité ). D'autre part, en vertu de l'article R. 523-2 du code de la mutualité, l'Etat peut accorder aux mutuelles de fonctionnaires et d'agents de l'Etat et des établissements publics nationaux " des subventions destinées notamment à développer leur action sociale et, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la mutualité et du ministre chargé des finances, à participer à la couverture des risques sociaux assurée par ces mutuelles " .
Ces subventions peuvent représenter pour les mutuelles concernées jusqu'à 25 % des cotisations versées par les adhérents. Par ailleurs, les mutuelles de fonctionnaires bénéficient de facilités pour l'exercice de leur activité (locaux, matériel de bureau parfois prêtés par l'administration), les plus grandes d'entre elles employant, en outre, dans une mesure non négligeable, des personnels fonctionnaires détachés ou mis à disposition.
Les mutuelles d'entreprises bénéficient aussi parfois de versements patronaux, mais ces subventions ont une nature différente de celles des mutuelles des fonctionnaires car il s'agit alors de la prise en charge partielle par les employeurs des cotisations de leurs salariés à des régimes complémentaires rendus obligatoires par accord d'entreprise ou convention collective. Cette prise en charge a fiscalement le caractère d'un complément de salaire et entre dans l'assiette des cotisations sociales dues par l'employeur.