2. Des conséquences dommageables pour les finances publiques
La concentration de l'expertise par les gestionnaires des réseaux de transports, l'absence quasi totale de contrôle extérieur au ministère chargé des transports, à l'exception de contrôles a posteriori par l'inspection des finances ou la Cour des comptes, alors même que les investissements en cause sont importants, expliquent des dérives financières.
Le ministère de l'économie, des finances et de l'industrie reconnaît en effet que les insuffisances des études conduisent à des errements : " Les expériences récentes, comme le TGV Méditerranée ou le TGV Est, ont révélé l'extrême difficulté de l'exercice (études de trafic, calcul des péages, rentabilité financière du projet), dans un contexte où l'expertise est encore largement centralisée à la SNCF, le cadre institutionnel et les barèmes de péages ne sont pas encore stabilisés. La réforme ferroviaire doit se poursuivre (...) ".
La Cour des comptes joue un rôle essentiel dans la constatation, a posteriori, des défaillances de l'expertise. Elle s'est penchée en 1996 sur le TGV Nord, en critiquant les méthodes d'évaluation du coût de l'investissement par la SNCF et l'Etat, elle a également fait de nombreuses observations sur les chantiers Eole et Météor. Il s'avère que les entreprises comme l'Etat peinent à calculer les investissements et leur rentabilité et à soutenir un grand projet d'infrastructure en maîtrisant sa conception et sa réalisation.
Dans le cadre de l'élaboration des schémas de service et de la nécessaire comparaison entre les modes de transports, il est impératif de développer de manière significative toutes les analyses et expertises antérieures aux prises de décisions pour mieux appréhender les différences de rentabilité et de compétitivité.