4. Les violences sectaires
Les chiites ne représentent que 15 % à 20 % de la population pakistanaise, dont 97 % est musulmane (les 3 % restant étant répartis entre 1,5 % de chrétiens et 1,5 % d'hindouistes). Ils n'en constituent pas moins, avec environ 30 millions de fidèles, la deuxième communauté chiite au monde, en dehors de l'Iran. Chiites et sunnites ont vécu en bonne intelligence, jusqu'à la fin des années 1970. A cette époque éclatent les premières manifestations d'un sunnisme plus radical , résultat de l'islamisation de la société conduite par le général Zia. Il s'agissait, dans l'esprit du Général, de contrer les partis politiques qui combattaient le régime militaire instauré par lui après l'éviction et l'exécution d'Ali Bhutto.
Des capitaux saoudiens ont encouragé la radicalisation sunnite, qui a fini par se retourner contre les chiites. Ceux-ci se sont élevés contre la décision prise, par Zia en 1980, d'instaurer le système d'imposition islamiste, fondé sur la « zakat » (aumône légale représentant 2,5 % des profits réalisés dans l'année), considérée par les chiites comme ne s'appliquant qu'aux sunnites. Des heurts entre les communautés s'en sont suivis, qui se sont aggravés après l'intervention américaine en Irak, initialement bien accueillie par les chiites irakiens, mais négativement ressentie par les sunnites.
Il arrive que ces violences soient ponctuées de méthodes jusque là inconnues au Pakistan, importées du Proche-Orient, comme les attentats suicides et les voitures piégées.
Les violences inter-confessionnelles ont débouché sur des attentats contre des mosquées chiites ou sunnites. L'attentat survenu le 12 avril 2006 à Karachi, a été particulièrement meurtrier (60 morts). Il coïncidait avec les célébrations honorant la naissance de Mahomet par la communauté sunnite.
Les autorités tentent d'éradiquer ces violences par l'interdiction de mouvements extrémistes, tant chiites que sunnites. Mais ces mesures n'ont eu jusqu'ici qu'un faible impact.