b) L'aéronautique
Les coopérations spécialisées dans le domaine de l'aéronautique se présentent sous un tout autre angle, puisqu'elles prennent la forme de consortiums industriels relevant du droit privé. Il ne s'agit donc pas, au sens strict, de coopérations entre les États membres, mais il est clair que ce sont les États intéressés qui ont souhaité la formation de ces consortiums et en ont précisé les contours.
Ainsi, c'est un accord politique franco-allemand qui a suscité la fusion des divisions « hélicoptère » de l'Aérospatiale et de MBB pour donner naissance en 1991 à Eurocopter, qui est parvenue à occuper une place majeure dans le marché civil mondial.
De même, c'est avant tout de la volonté politique de disposer en Europe d'un groupe aéronautique de taille mondiale qu'est né en 2000 - par la fusion de trois entreprises : DASA (Allemagne), Aérospatiale-Matra (France et CASA (Espagne) - le groupe EADS (European Aeronautic Defense and Space Company) . Airbus et Eurocopter sont des filiales à 100 % d'EADS, qui est par ailleurs l'un des principaux actionnaires d'Arianespace, société qui exploite la fusée Ariane.
c) La recherche scientifique
L'Organisation européenne de la recherche nucléaire (CERN) regroupe dix-huit États membres de l'Union ainsi que la Norvège et la Suisse. Elle est fondée sur une convention signée en 1954. Les décisions essentielles sont prises par le Conseil, où chaque État membre dispose d'une voix. Le Conseil peut statuer en règle générale à la majorité simple.
Le CERN - qui est orienté vers la recherche fondamentale et, aux termes de la Convention qui le fonde, doit s'abstenir de toute activité à des fins militaires - est un acteur essentiel de la recherche sur le contenu du noyau atomique.
L'initiative Eurêka , qui regroupe vingt-cinq États membres de l'Union sur vingt-sept ainsi que onze États non membres, a été lancée en 1985 dans le but d'améliorer la compétitivité européenne en soutenant des projets de recherche plus proches des demandes des entreprises. Il s'agit d'une démarche intergouvernementale de nature pragmatique, qui ne s'appuie pas sur une convention internationale. Elle fournit un cadre dans lequel les porteurs de projets accèdent à un réseau facilitant la recherche de partenaires et l'accès aux financements publics. Une conférence ministérielle fait régulièrement le point sur le développement de l'initiative.
Celle-ci apparaît complémentaire et non concurrente de la politique de soutien à la recherche menée dans le cadre de l'Union : la Commission européenne est associée aux activités d'Eurêka et, depuis 2004, certains programmes lancés dans le cadre de l'initiative sont cofinancés par l'Union et par les États membres d'Eurêka.
Le brevet européen est un autre exemple de coopération spécialisée dans un domaine lié à la recherche appliquée. L'échec des tentatives pour instituer un brevet communautaire a conduit sept États membres à se tourner vers la procédure d'une convention internationale. La Convention de Munich d'octobre 1973 a instauré le brevet européen et créé l'Office européen des brevets. Même si cette solution de rechange ne présente pas tous les avantages qu'apporterait un brevet communautaire, elle a manifestement constitué un progrès, puisque tous les États membres ont par la suite adhéré à la Convention, et qu'ils ont été rejoints par huit États non membres de l'Union. L'intérêt des États pour cette formule - en attendant que les obstacles à la mise en place d'un brevet communautaire soient levés - ne se dément pas, puisque, au cours des dernières années, la Convention de Munich a été révisée pour rendre la procédure du brevet européen plus simple et moins coûteuse (avec une révision de la convention destinée à moderniser les procédures, et un protocole assouplissant le régime linguistique).