2. L'organisation de la cohabitation physique des acteurs dans les ports
C'est au SSF qu'est revenue la tâche de gérer les installations physiques et géographiques de la marine nationale et la « cohabitation » ou collaboration des différents acteurs situés sur une même base navale, sous l'autorité du commandant de la base navale concernée.
a) La situation à Brest et Toulon
Brest et Toulon sont des ports d'entretien. Toutes les infrastructures appartiennent à la marine nationale, et certaines sont utilisées par DCN qui n'en est que locataire au titre de conventions d'occupation temporaire (COT) d'une durée de vingt ans ou d'une autorisation d'occupation temporaire (AOT) d'une durée de un à trois ans. L'IPER du porte-avions Charles-de-Gaulle se déroulera dans un des grands bassins de Toulon qui ne fait aujourd'hui l'objet ni d'une COT, ni d'une AOT.
En contrepartie, DCN acquitte des loyers qui alimentent le budget général de l'Etat au nom du principe de l'universalité budgétaire (le ministère de l'économie négocie le prix des loyers et les perçoit). En ce qui concerne les COT, DCN prend à sa charge l'entretien des infrastructures et répercute ce coût à la marine en l'incorporant dans le prix de l'entretien des navires. Le fait que DCN conditionne la réalisation de certains investissements relatifs à ces COT à la passation de contrats par la marine, répond sans doute à une réelle logique économique mais pose peut-être quelques difficultés juridiques, qu'il n'appartient pas de trancher à votre rapporteur spécial.
Les installations concernant les SNA sont régies par les COT. Le SSF a la responsabilité technique des COT et AOT et surveille notamment l'entretien lourd dans les COT.
Auparavant, DCN entretenait les navires à propulsion nucléaire et avait donc la responsabilité d'un « exploitant nucléaire ». La transformation de DCN en société a rendu nécessaire la création auprès d'elle d'un poste de responsable nucléaire représentant le ministre de la Défense. C'est le SSF qui assure cette mission et contrôle les travaux menés par DCN. Jusqu'à l'été 2005 toutefois, une convention transitoire a prévu que DCN restait responsable nucléaire. A cette date, la responsabilité sera transférée à la marine.
b) Le cas particulier de l'outre-mer
L'établissement de DCN situé à Papeete a été fermé en 2003. Depuis le maintien en condition opérationnelle est assuré par la contractualisation entre SSF et les sociétés compétentes. Il doit être effectué au plus près du port de base, car pendant l'IPER, l'équipage reste à bord et le commandant reste responsable de son bateau. Le maintien en condition opérationnelle de l'aviso La Grandière, basé à la Réunion, est effectué à l'île Maurice.
Les patrouilleurs situés à Nouméa sont entretenus et révisés sur place, l'offre ayant été remportée par une société située à Nouméa. Le coût du déplacement de l'équipage rend ce choix plus rentable qu'un recours à une société basée en Australie (qui pourrait être plus compétitive que celle située à Nouméa, hors le critère de paiement des primes spécifiques aux marins).