2. Une expertise insuffisante des services instructeurs
Au stade de la programmation des projets, la mission estime que le choix d'une organisation administrative excessivement déconcentrée aboutit à l'affectation d'un effectif particulièrement faible à la gestion des fonds structurels du fait de son émiettement. L'effectif moyen consacré à l'instruction des dossiers s'élève à 1,16 équivalent temps plein (ETP) dans les préfectures de département, à 0,77 ETP dans les directions départementales du travail de l'emploi et de formation professionnelle(DDTEFP), compétentes pour les dossiers FSE, et à 0,92 dans les autres services déconcentrés de l'État. La faiblesse de cet effectif se traduit par une professionnalisation insuffisante des agents, amplifiée par une mobilité importante des experts et des cadres.
De même, le nombre d'animateurs apparaît réduit par rapport à l'amplitude des mesures à mettre en place pour susciter suffisamment de candidatures. De ce fait, ce sont les services instructeurs qui doivent soutenir les porteurs de projet pour le montage des dossiers, tout en conduisant par ailleurs l'instruction.
Au stade du contrôle de service fait, la faiblesse des effectifs des services instructeurs soulève les mêmes difficultés que pour la programmation. En outre, la faible expertise de certains services instructeurs oblige parfois les autorités de certification à les accompagner au lieu de se concentrer sur leur mission de certification.
Au total, la lourdeur des services déconcentrés de l'État (directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement ; directions régionales des entreprises, de la concurrence, de la consommation du travail et de l'emploi ; directions régionales de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale ; etc) aboutit à freiner les projets.
La pratique de la délégation de gestion à des organismes intermédiaires est source d'efficacité lorsqu'elle bénéficie à de grandes collectivités territoriales, notamment aux conseils régionaux. Toutefois, les petits organismes intermédiaires éprouvent souvent des difficultés à réaliser par eux-mêmes l'instruction et le contrôle de service fait, et sollicitent fréquemment l'aide des services de l'autorité de gestion. Ces petits organismes intermédiaires sont courants en matière de FSE, où de nombreuses subventions globales sont accordées à des plans locaux pour l'insertion et l'emploi (PLIE) et à des organismes paritaires collecteurs agréés (OPCA) de la formation professionnelle.