3. L'Agence nationale de la recherche
Selon les Etats Généraux de la recherche, l'agence nationale de la recherche (ANR), mise en place dès le mois de janvier 2005, aurait vocation à être remplacée, le plus tôt possible, par un comité de financement des projets scientifiques (COFIPS), sorte de guichet unique, en grande partie autogéré par les chercheurs eux-mêmes.
Mais pour le gouvernement, l'agence doit financer exclusivement des projets de qualité internationale et non pas des structures. L'enveloppe dont elle disposera ne devra pas (comme c'était en partie le cas pour le FNS) servir de « variable d'ajustement » des crédits des organismes de recherche et permettre à ces derniers, d'être admis à passer « une session de rattrapage budgétaire ».
Le conseil d'administration de l'agence devrait comprendre des représentants non seulement de l'Etat et des organismes de recherche mais aussi du monde industriel.