b) La disparité des options adoptées par les différents pays en matière de tutelle des établissements
Lorsque les universités sont des établissements publics, leur tutelle est, le plus souvent, assurée directement par l'État .
Cependant, dans les pays à structure fédérale, la tutelle des établissements d'enseignement supérieur a souvent été confiée aux collectivités territoriales pertinentes : états fédérés, provinces, régions. Ainsi, aux États-Unis, la plupart des universités publiques sont placées sous la tutelle des états fédérés, en Allemagne sous la tutelle des Länder, en Espagne sous la tutelle des provinces. Dans ces cas, les responsabilités de l'État fédéral se trouvent limitées à la gestion de dispositifs qui assurent la mise en cohérence des règles de fonctionnement du système et, pour une part, au financement des établissements et des programmes.
Dans les pays à structure étatique centrale, la tutelle des universités est assumée par un département ministériel ou par un organisme public (généralement une agence) de compétence nationale.
Lorsque les universités ou les grandes écoles disposent, à une échelle significative, d'un statut privé, une large part de leurs activités demeure néanmoins soumise à une régulation publique : autorisation de création ou d'exercice, agrément des programmes, accès à des financements publics.
Seuls certains pays ont institué des universités comme institutions auto-accréditives qui jouissent de la plus large autonomie dans un cadre de fonctionnement prévu par leur acte de fondation, le plus souvent séculaire. C'est le cas pour les grandes universités privées de recherche aux États-Unis ou pour des universités telles qu'Oxford et Cambridge au Royaume-Uni. Mais, même dans ces cas, l'accès au financement public lié, en particulier, aux grands programmes de recherche implique une tutelle publique ; cette dernière s'exerce alors davantage par l'intervention d'administrations ou d'agences nationales dans l'évaluation des projets et de la production scientifique que par une supervision directe de l'organisation ou du fonctionnement de l'établissement.
c) Les instances de régulation et d'évaluation des établissements
Dans plusieurs domaines, on a récemment assisté à une répartition nouvelle des responsabilités exercées par les autorités de tutelle sur les établissements.
C'est en matière d'évaluation des établissements et des programmes de formation et de recherche, que la pratique consistant à confier des missions jusqu'alors assumées par l'État à des institutions publiques autonomes, souvent constituées sur un modèle d'autorité administrative indépendante, s'est très rapidement généralisée. Tel est d'ailleurs le cas de la France depuis la loi de programme pour la recherche d'avril 2006 qui a créé l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES).
Dans des cas plus rares, de telles autorités se voient également confier d'autres missions telles que l'instruction des autorisations d'ouverture de nouveaux établissements ou l'agrément de nouveaux programmes.
De même, seuls quelques pays ont confié à des autorités indépendantes la responsabilité de l'allocation des fonds de l'enseignement supérieur et la recherche (les « Funding councils » au Royaume-Uni par exemple, intermédiaires entre le Gouvernement et les institutions) ; dans ce domaine, une gestion assurée par l'administration centrale demeure dominante, même si les décisions de l'État sont éclairées par les avis d'agences d'évaluation ou de comités d'experts. Toujours au Royaume-Uni, la part allouée aux universités dépend des résultats des départements suite à l'exercice périodique d'évaluation de leurs activités. En Suède, une agence publique indépendante évalue les établissements et leurs programmes d'enseignement tous les six ans ; une enquête exhaustive auprès des étudiants est intégrée à l'évaluation et l'agence rend compte au Gouvernement et au Parlement.
C'est dans ce domaine de la régulation et de l'évaluation que la tendance au changement s'affirme à l'échelle internationale de la façon la plus nette, avec l'apparition de nouveaux acteurs de statut public, ou qui bénéficient d'une mission de service public, pour prendre en charge des responsabilités jadis assumées par l'administration centrale ou pour engager de nouvelles modalités de supervision des établissements, dans une perspective plus stratégique et académique que bureaucratique.