Pendant l'Occupation, René Coty se retire en Normandie et demeure en marge de la vie politique. En 1943, cependant, il rejoint une vingtaine de sénateurs à Paris, avec lesquels il élabore clandestinement un projet de Constitution destiné à assurer la sauvegarde des institutions républicaines lorsque disparaîtra le gouvernement de Vichy.
A la Libération de Paris, en août 1944, René Coty se présente au palais du Luxembourg afin d'obtenir une salle qui pourrait accueillir ce « groupe des sénateurs résistants ». Mais les Allemands ont dégradé les locaux pendant les quatre années d'occupation et l'architecte du Sénat se montre dubitatif quant aux délais nécessaires à leur remise en état.
En tout état de cause, le projet constitutionnel proposé ne sera pas retenu par le général de Gaulle. Quant à René Coty, il sera frappé d'inéligibilité pour avoir voté la loi du 10 juillet 1940 remettant les pleins pouvoirs au maréchal Pétain, et devra présenter sa défense devant un jury d'honneur.
En 1962, ses anciens collègues du Sénat lui témoigneront leur sympathie en lui offrant un ouvrage sur le palais du Luxembourg, spécialement édité et dédicacé à son intention.