L'anticléricalisme de Victor Schoelcher est essentiellement tourné contre toute ingérence de l'Église catholique dans la vie politique : il propose d'inscrire sur une bannière « paix aux croyants qui voudront rester dans leurs églises ; guerre aux cléricaux qui veulent faire déborder leur religion sur la société laïque ». Opposé à la religion d'État et aux prières publiques, il approuve la suppression de la messe officielle en Cochinchine.
Sa lutte contre ce « catholicisme ultramontain, militant et agressif » auquel il reproche ses affinités avec la monarchie et l'empire se traduit dans ses actes : en 1879, Victor Schoelcher accepte de participer au comité de patronage de la Semaine anticléricale en compagnie de Victor Hugo et de Louis Blanc et en 1880, il est président du bureau du journal. En 1881, il préside le congrès anticlérical organisé par le Grand Orient de France.
Plus que de la séparation des Églises et de l'État, Victor Schoelcher est surtout partisan d'un strict encadrement des activités de l'Eglise : en 1851 à l'Assemblée nationale législative, lors du débat sur les modes de nomination des aumôniers des hôpitaux, il dépose, en vain, un amendement limitant le pouvoir des évêques. A plusieurs reprises, il tente sans succès de réduire le budget des cultes. Le 9 décembre 1879 au Sénat, il propose une diminution du traitement des dignitaires de l'Église. Aux demandes d'explications de ses collègues, il répond : « je trouve que les cardinaux, les archevêques et les évêques sont beaucoup trop payés. »