Plusieurs rapports sont consacrés aux maladies contagieuses et aux moyens de les prévenir. Le 13 mars 1916, Paul CAZENEUVE se félicite des campagnes de vaccination contre la variole qui ont eu lieu avant la guerre, mais s'indigne en revanche de la mauvaise conduite de la campagne de vaccination contre la fièvre typhoïde : certains soldats sont vaccinés deux fois, d'autres ne le sont pas. Quelques mois plus tard, il constate que ses recommandations ont été suivies d'effet, l'encadrement des vaccinations ayant été redéfini et renforcé.
La commission se préoccupe aussi des mesures de désinfection, de l'approvisionnement en sérums, suivant avec attention les recherches en cours, en se rendant notamment aux laboratoires d'Alfort, où se met au point un sérum polyvalent. Le rapport estime que « contrairement à ce qui a été observé dans la guerre de 1870-71, le feu de l'ennemi est beaucoup plus meurtrier dans cette guerre et, inversement, les maladies contagieuses, grâce au progrès des sciences médicales, ont fait beaucoup moins de victimes. »

Ce qui est sans doute vrai en métropole l'est beaucoup moins en ce qui concerne le corps expéditionnaire d'Orient, dont la situation sanitaire est des plus déplorables. Un autre sujet préoccupe la sous-commission du service de santé tout au long de la guerre : la prophylaxie des maladies vénériennes. Henry CHERON, qui les qualifie de « véritable péril national », dénonce l'insuffisance d'« une circulaire du sous-secrétaire d'Etat du service de santé [qui] se borne à prescrire de donner aux jeunes soldats des conseils de continence ; cela est un peu ridicule et absolument inefficace ». Inquiet pour « l'avenir de la race », Paul STRAUSS consacre trois rapports à cette question, étudiant les mesures d'éducation - une brochure spécifique est produite par l'Académie de médecine -, les possibilités de dépistage, avec la création d'une inspection médicale et de stations prophylactiques, ainsi que les solutions proposées dans les armées alliées.