2. Vers la paix
a) L'accord d'Arusha
Entamés en juin 1998, interrompus par le décès, en octobre 1999, du médiateur tanzanien Julius Nyerere, les pourparlers de paix sont relancés par la désignation de Nelson Mandela comme nouveau médiateur le 1 er décembre 1999.
Le 28 août 2000 , un accord politique pour la paix et la réconciliation au Burundi est conclu à Arusha, en Tanzanie. Le texte de l'accord comprend deux protocoles :
- le premier analyse la nature du conflit burundais et justifie les solutions préconisées pour sortir du conflit, notamment la prise en compte des réalités ethniques pour parvenir à une démocratie stabilisée ;
- le second, intitulé « démocratie et bonne gouvernance », comprend les dispositions promulguées le 28 octobre 2001 sous le nom de « Constitution de transition de la République du Burundi », qui demeurera en vigueur jusqu'à la promulgation de la Constitution du 18 mars 2005.
L'accord d'Arusha n'est toutefois pas signé par les principaux mouvements de rébellion, notamment le FNL-Palipehutu et le CNDD-FDD, qui poursuivent les combats et retardent son application. Malgré l'absence de cessez-le-feu, les institutions de la transition se mettent en place à partir de novembre 2001, sur la base d'un partage du pouvoir entre Hutus (60 % des postes) et Tutsis (40 %), et le rétablissement de la paix et de la démocratie s'amorce.
La période de transition est fixée par les accords de paix à deux périodes de dix-huit mois avec une alternance du pouvoir entre Tutsis et Hutus à l'issue de la première période. Du 1 er novembre 2001 au 30 avril 2003, la transition est ainsi présidée par Pierre Buyoya, épaulé d'un vice-président hutu, Domitien Ndayizeye, qui lui succède ensuite pacifiquement pour conduire la seconde phase du processus. Il est épaulé par un vice-président tutsi, Alphonse Kadege, remplacé par Frédéric Ngenzenbuhoro, le 11 novembre 2004.
La mise en place du gouvernement de transition s'est accompagnée du déploiement d'une force intérimaire de maintien de la paix de 2.870 soldats sud-africains, éthiopiens et mozambicains sous l'égide de l'Union africaine, à laquelle s'est substituée en juin 2004 une opération de maintien de la paix des Nations-Unies, dotée de 5.800 hommes.
b) L'aboutissement du processus de paix
Le processus de paix connaît une accélération sans précédent avec le ralliement de la principale rébellion hutue, le CNDD-FDD , par un accord de cessez-le-feu signé le 16 novembre 2003. Après avoir obtenu satisfaction sur sa principale revendication - la mise en place d'un état-major intégré et la promesse d'une intégration partielle de ses troupes dans les futures forces de sécurité du pays - il accepte d'intégrer les institutions de transition, ce qui permet d'améliorer significativement la sécurité sur l'ensemble du territoire. A partir de cette date et en dépit de plusieurs tentatives de médiation, seul le FNL reste en marge du processus de paix.
Sous l'égide de l'Afrique du Sud, un accord sur le partage du pouvoir pour la période post transition est ensuite intervenu le 5 août 2004 à Pretoria. C'est sur cette base qu'une nouvelle Constitution est élaborée et adoptée par référendum en février 2005, permettant la tenue des élections après deux reports successifs du calendrier (la communauté internationale a accordé une prolongation de neuf mois de la période initiale de transition à cet effet).
L'ensemble des élections prévues par les accords de paix ont eu lieu entre mars et août 2005, en présence d'observateurs internationaux de l'Union européenne, de l'Union africaine et de l'organisation internationale de la francophonie.