b) Le principe de l'additionnalité des aides
Il implique le cofinancement par les Etats membres des projets subventionnés par les fonds structurels : ceux-ci ne sauraient se substituer aux financements nationaux, mais s'ajoutent à ces derniers. Le taux de participation de l'aide européenne varie selon les territoires et les objectifs.
c) Le principe du partenariat
Ce principe impose que les programmes destinés à mettre en oeuvre les fonds structurels fassent l'objet à toutes les étapes (élaboration, réalisation, évaluation) d'une concertation étroite entre la Commission européenne, l'Etat membre concerné, les autorités régionales et locales ainsi que les acteurs intéressés.
d) Le principe de programmation
Il se traduit par une mise en oeuvre des objectifs prioritaires dans le cadre de programmes pluriannuels établis à l'échelle nationale ou régionale et dont le contenu est négocié avec la Commission européenne.
Chaque programme définit, sur la base d'un diagnostic des territoires, une stratégie d'action et des axes prioritaires et donne lieu, pour son application, à un complément de programmation et à des conventions entre les partenaires participant au financement de ses actions.
A l'origine, ces programmes prennent exclusivement la forme de cadres communautaires d'appui (CCA) , documents de planification présentant la stratégie et les priorités retenues par les Etats membres ainsi que le montant des crédits européens et des cofinancements nationaux qui, après avoir été approuvés par la Commission européenne, doivent être déclinés en un ou plusieurs programmes opérationnels .
Ce principe est donc à l'origine d'une procédure lourde , qui vise théoriquement à prévenir les fraudes et à éviter le financement de mesures non prioritaires.