2. L'Académie des sciences et les académies spécialisées
Une partie très importante de la recherche en Chine est effectuée dans les instituts et les académies . La CAS (Chinese Academy of Science), la CASS (Chinese Academy of Social Science) et la CEA (China Earthquake Administration) sont placées sous la tutelle directe du Conseil des Affaires d'État.
L'Académie des sciences disposant de laboratoires propres, est tout aussi puissante que le MoST. À l'international, la CAS est le premier partenaire chinois en matière de recherche et a une réputation d'excellence scientifique. Fortement structurée, elle est un acteur économique fort du pays, qui favorise la création d'entreprises au sein de ses instituts. Les autres académies dépendent de leur ministère de tutelle (santé, agriculture...).
L'Académie des sciences est l'institution académique la plus importante du pays. Elle joue un rôle primordial dans la recherche fondamentale de haut niveau, dans l'innovation et le transfert technologique vers l'industrie . Elle était dotée d'un budget de près de 13 milliards de yuans en 2004. Il s'agit de l'institution chinoise qui se rapproche le plus du CNRS français, avec toutefois deux différences essentielles : l'absence de laboratoire commun avec les universités et la non-représentation des sciences humaines.
Créée en novembre 1949, la CAS est à la fois une académie, au sens d'une assemblée de personnalités scientifiques, et un organisme de recherche qui regroupe 89 instituts et assure un rôle de formation au travers d'une université et d'écoles accueillant les étudiants au niveau du master.
Les cinq divisions de l'Académie des sciences (mathématiques et physique, chimie, sciences du vivant, sciences de la terre et sciences technologiques) comptent au total 707 membres. Elles sont le principal conseiller de l'Etat en sciences et technologies. Relevons qu'elles accueillent une quarantaine de membres étrangers associés ; M. Jacques-Louis Lions était membre associé. MM. Jean-Marie Lehn et Guy de Thé ont été élus académiciens en 2004.
La gestion des instituts de recherche est actuellement partagée entre cinq bureaux : recherche fondamentale, sciences du vivant et biotechnologies, ressources naturelles et environnement, recherche et développement des hautes technologies, et développement industriel des hautes technologies. Cette organisation verticale pourrait être modifiée en 2006 et remplacée par une gestion transversale, dans laquelle les instituts seraient liés à une ou plusieurs des plateformes de recherche, qui devraient à terme remplacer les bureaux (une plateforme de recherche fondamentale et dix plateformes thématiques).