II. LE SYSTÈME ACTUEL : ENTRE INNOVATION ORGANISATIONNELLE ET MILLE-FEUILLE INSTITUTIONNEL

La France possède un système d'enseignement supérieur et de recherche qui présente une double spécificité qui le rend unique, mais pas forcément plus compliqué, à l'échelle de l'Europe.

En effet, historiquement, l'Université n'y occupe ni la place centrale dans le système de recherche, ni dans la formation des élites. Les organismes de recherche assument la majeure partie de l'activité de recherche et les grandes écoles, que se soient les écoles d'ingénieurs, les ENS, les écoles d'administration ou les écoles de commerce, s'occupent de la formation des élites et notamment des grands corps de l'État.

Ces écoles n'avaient pas intégré la formation par la recherche dans leurs priorités, comme il nous l'a été rappelé lors de l'audition sur Saclay par exemple par le Général Xavier Michel, directeur général de Polytechnique.

Cette situation, largement héritée d'une longue tradition remontant à l'époque napoléonienne, voire même à l'ancien régime, est en passe d'évoluer. Un certain nombre de réformes tendent à octroyer, non sans heurt, une place plus centrale aux universités.

Ces réformes tendent principalement à accroitre l'autonomie des universités et à remodeler les institutions de recherche. Il ne faut néanmoins pas surestimer les évolutions de ces dernières années et remarquer que ces évolutions, loin d'être isolées et nouvelles, sont la marque d'une véritable lame de fond tant historique que globale.

A. L'ÉMERGENCE DE NOUVELLES STRUCTURES

Notre système de recherche et d'innovation peut apparaître quelque peu complexe, d'autant plus aux yeux d'un étranger. Néanmoins, contrairement à une idée bien ancrée, une rapide comparaison des différents systèmes nationaux peut montrer que le système français, avant l'émergence d'assez nombreuses structures de coopération, n'était pas fondamentalement plus complexe que le système américain ou allemand par exemple. Il était et est différent, mais pas plus complexe.

Ainsi, les community college américains sont-ils à leurs universités ce que nos formations de techniciens du supérieur sont à nos universités. Des institutions comme le NASA Jet Propulsion Laboratory (JPL) américain ou les Instituts Max Planck et les Instituts Fraunhofer allemands ne sont-ils pas des organismes de recherche non-universitaires, de la même façon que nous avons le CEA, le CNES ou le CNRS ?

De fait la différence essentielle est que les allemands ou les américains, pour ne citer qu'eux, savent bien mieux que nous faire la pédagogie de leur système et surtout savent mettre de côtés leurs différends locaux lorsqu'il s'agit de coopération internationale.

Un rapide passage dans un congrès scientifique international permet très rapidement de prendre la mesure de cette différence : ainsi, les affiches et autres présentations visuelles de chercheurs britanniques, allemands ou américains appartenant à une même institution présentent la même charte graphique, alors que cette pratique est très rare pour des chercheurs français, qui ont plutôt tendance à faire référence à leur laboratoire voire à leur équipe de recherche ...

La création de structures de coopération constitue une avancée, à condition que celles-ci soient des structures de transitions permettant la fusion d'établissements, et non des structures surnuméraires permanentes. Elles doivent être mises en relief avec la nécessaire mais lente évolution des mentalités ; évolution qui ne pourra pas se faire par le biais d'une règle émanant d'une autorité centrale mais uniquement par le fruit d'une longue coopération inter-établissement et inter-discipline voulue par les différentes communautés.

Ainsi, toute la question de la simplification de notre système de recherche et d'innovation, et plus largement d'une meilleure communication de leur part,  se résume sans doute à savoir comment montrer aux différentes institutions et communautés l'intérêt qu'elles auraient à coopérer soit au sein des alliances de recherche, soit grâce aux regroupements universitaires, soit en prenant part à des pôles de compétitivité.

1. Les Alliances de Recherche

Cinq alliances thématiques regroupent les principaux acteurs de la recherche publique par secteur, afin qu'ils élaborent des programmes transversaux et nouent des partenariats avec les entreprises travaillant dans le même domaine. Concernant les domaines de la santé, du numérique, de l'énergie, de l'environnement, sans oublier les sciences humaines et sociales, elles ont pour vocation de répondre à l'ensemble des défis du futur.

L'Office parlementaire leur a consacré une audition publique le 23 novembre 2010. A cette occasion, leurs présidents en ont présenté les objectifs et les activités. Leurs propos sont repris ci-dessous, qu'il s'agisse d'AVIESAN, d'ALLISTENE, d ' ANCRE, d'AllEnvi et d'ATHENA.

Comme l'a indiqué M. André Syrota, président d'AVIESAN, « lors des crises du prion et du chikungunya, la réunion par le ministre des directeurs des organismes concernés - une trentaine, tous incompétents sur la question traitée, mais munis de notes préparées par leurs collaborateurs - avait fait apparaître l'absence totale de coordination, les uns étudiant le moustique, les autres l'eau que boit celui-ci, d'autres encore faisant des prélèvements sanguins ou de la génomique. Au niveau européen et pour l'ensemble des milieux scientifiques, la recherche menée en France était peu lisible ».

Il était nécessaire de changer de modèle, car « dans le domaine des sciences du vivant, pour des raisons historiques, le paysage était plutôt diversifié : outre les nombreux organismes spécialisés dans ce domaine, la tendance était de créer un nouvel institut pour chaque nouvelle maladie - comme l'Agence nationale de recherche sur le sida et les hépatites virales (ANRS) ou l'Institut national du cancer (INCa) - à quoi se sont ajoutés, au fil du temps, les Réseaux thématiques de recherche avancée (RTRA), les Réseaux thématiques de recherche et de soins (RTRS) et les génopôles, cancéropôles, infectiopôles, neuropôles et gérontopôles ».

La création des alliances correspond donc à une volonté politique marquée de rassembler les structures existantes et de coordonner leurs actions, afin de permettre des programmations plus efficaces.

AVIESAN regroupe ainsi tous les partenaires qui s'occupent de sciences du vivant : l'INSERM , le CNRS ( le CNRS fait autant de recherche médicale et de recherche en sciences du vivant que l'INSERM et l'INSERM fait autant de recherche fondamentale que le CNRS), l'INRA pour la nutrition, l'INRIA pour l'informatique (cette institution consacre 20 % de son budget aux sciences de la vie et de la santé, notamment en matière de télémédecine et de logiciels de traitement d'images), le CEA avec sa Direction des sciences du vivant, l'Institut Pasteur, l'Institut de recherche pour le développement (IRD), la Conférence des présidents d'université, et la Conférence des directeurs généraux de CHU. Plusieurs organismes y sont associés, comme l'Institut Curie, la Fédération des luttes contre le cancer, l'Etablissement français du sang, l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire (IRSN), le service de santé des armées ou l'Institut Télécom.

Dans le cas d'ALLISTENE, sont concernés la Conférence des directeurs d'écoles et formations d'ingénieurs (CDEFI), le CEA, le CNRS, la Conférence des présidents d'Université, l'INRIA et l'Institut Télécom, tous membres fondateurs, mais aussi sont l'INRA, l'INRETS, l'ONERA et le CEMAGREF, en tant que membres associés.

Pour l'ANCRE, il s'agit de l'ensemble des organismes de recherche publique impliqués dans le secteur de l'énergie, notamment le CEA, le CNRS, IFP Energies nouvelles, la conférence des présidents d'Université et de nombreux organismes dont l'IFREMER.

AllEnvi réunit l'INRA, le CNRS, l'IFREMER, le CEMAGREF, la Conférence des présidents d'université, le CIRAD, Météo France, le BRGM, le Laboratoire central des Ponts et Chaussées, ainsi que l'INRIA, l'INERIS, l'ANSES, l'IRSN, l'ANDRA, le CNES, la Conférence des grandes écoles, la Conférence des directeurs des écoles françaises d'ingénieurs (CDFI), l'IGN, le Laboratoire national de métrologie et d'essais (LNE), Agreenium, l'Institut polaire français Paul-Émile Victor (IPEV), le SHOM (Service hydrographique et océanographique de la marine), IFP Énergies nouvelles et la Fondation de recherche pour la biodiversité (FRB) dont les huit membres fondateurs sont également membres fondateurs de l'Alliance.

ATHENA, la plus récente, réunit le CNRS et la CPU qui en sont les co-pilotes, ainsi que l'Institut national d'études démographiques (INED), la Conférence des grandes écoles et différents organismes. Les présidents des autres alliances, AVIESAN, AllEnvi, ALLISTENE et ANCRE feront donc partie du directoire d'ATHENA, ce qui en fait une sorte d'alliance des alliances.

Leurs missions sont proches. La présentation qu'en fait M. Olivier Appert, Président de l'ANCRE pourrait être reprise par ses collègues : « Les missions de l'ANCRE tendent à favoriser et renforcer les partenariats et les synergies entre les organismes publics de recherche, les universités et les entreprises en intégrant les contraintes propres à chacun - notamment en ce qui concerne les questions liées à la propriété intellectuelle et à la valorisation de la recherche - mais également à identifier les verrous scientifiques, technologiques, économiques et sociétaux qui limitent le développement industriel des technologies et, enfin, à proposer des programmes pluriannuels de recherches communes, à réaliser des programmations et à proposer des structures qui permettront de les mener à bien ».

Selon M. Michel Cosnard, président d'ALLISTENE, « la France n'ayant pas les moyens de s'attaquer à tous ces sujets, il nous faut choisir, mieux coordonner notre effort de recherche, renforcer notre collaboration avec nos partenaires européens et être ainsi présents dans le concert des nations. Ce dont il s'agit n'est aucunement de dicter aux chercheurs ce qu'ils doivent faire mais de définir de grandes thématiques, dans un processus associant recherche publique et recherche privée ».

Les défis auxquels il s'agit de répondre sont globaux. Pour M. Roger Genet, président d'AllEnvi, les enjeux sont de nature écologique, économique, sociétale et politique.

Les détailler dans le domaine couvert par AllEnvi permet de se rendre compte de l'ampleur de la tâche à accomplir, de l'ambition qui anime les dirigeants de cette alliance et de l'importance de la pluridisciplinarité.

« L'objectif étant d'arriver à nourrir 9 milliards d'individus à l'horizon 2050, les enjeux écologiques portent sur la sûreté et la sécurité alimentaires, l'agroécologie et les défis agronomiques, la gestion des ressources en eau, l'érosion de la biodiversité, la gestion des risques et la restauration des milieux naturels.

Les enjeux économiques, également très nombreux, consistent à assurer une agriculture compétitive, le développement rural, l'exploitation raisonnée du milieu marin et des ressources naturelles, l'adaptation aux changements globaux, et le développement des écotechnologies.

Les enjeux sociétaux concernent les impacts de l'économie verte sur l'emploi ainsi que sur l'adaptation des comportements et des modes de vie.

Quant aux enjeux politiques, ils se traduisent tant en termes d'aménagement des territoires - relations entre les espaces urbains, ruraux et naturels, trames vertes et bleues - qu'en termes d'adaptation des politiques publiques ».

Il en découle pour AllEnvi quatre objectifs : « faire jouer à la recherche fondamentale et finalisée un rôle central dans la construction et l'élaboration des politiques publiques ; développer une approche pluridisciplinaire, intégrant très largement les sciences expérimentales, humaines, sociales, économiques et politiques - un des grands enjeux transversaux de la SNRI (stratégie nationale de recherche et d'innovation) - ; promouvoir une société innovante et ouverte à l'économie, dans le cadre d'un renforcement des relations avec le monde industriel ; maîtriser les risques environnementaux et renforcer la sécurité ».

Il en découle ses missions : assurer la coordination programmatique et opérationnelle d'une recherche systémique pour l'environnement ; renforcer la synergie entre les opérateurs de recherche, les universités, les écoles et les acteurs du monde économique, au travers notamment d'une association des pôles de compétitivité et du monde industriel ; assurer la cohérence et le pilotage d'ensemble des grandes infrastructures de recherche, notamment des systèmes d'observation, d'expérimentation et de recherche en environnement - SOERE -, favoriser et de renforcer les collaborations avec les pays du Sud, en lien avec l'AIRD (l'Agence inter-établissements de recherche pour le développement).

Quant à ATHENA, son principal objectif est de servir à une meilleure structuration des sciences humaines et sociales en France en constituant un lieu entre les universités, les grands établissements, les grandes écoles et les organismes actifs dans les SHS. L'Alliance doit devenir l'interlocuteur de l'Agence nationale de la recherche (ANR) pour engager une réflexion commune sur la programmation en sciences humaines et sociales.

Son positionnement est particulier, car comme le remarque M. Alain Fuchs, son président, « le sigle SHS recouvre en effet des objets d'études, des pratiques et des communautés extrêmement diverses, mais dont la préoccupation centrale est l'homme et la société. Il aurait été illusoire de mettre tout de suite en place des groupes de travail sur les priorités de telle ou telle thématique en sciences humaines et sociales dans les années qui viennent ».

Les groupes thématiques qu'elle a constitués sont révélateurs des besoins. Ils ont pour objet :

- de structurer les SHS en développant des interfaces entre disciplines et en précisant ce qu'est une unité mixte de recherche afin que les rôles soient mieux répartis entre grands organismes et universités ;

- de traiter des infrastructures qui doivent faire l'objet d'une programmation pluriannuelle concertée, disposer d'une gouvernance claire et être évaluées de façon régulière et rigoureuse ;

- d'internationaliser les pratiques de recherche, en renforçant les réseaux des institutions et des laboratoires français à l'étranger, en intensifiant les coopérations et en améliorant la visibilité internationale de la recherche française par des multi-traductions, y compris en japonais et en chinois ;

- de valoriser les recherches en SHS auprès des entreprises (l'analyse des dynamiques sociales, l'épistémologie des représentations et des croyances, l'étude rigoureuse des corpus de divers ordres, la traduction automatique et l'analyse de l'occupation de l'espace sont autant d'exemples de recherches encore trop peu valorisées) ;

- de définir des indicateurs en sciences humaines et sociales, afin de disposer de critères objectivables pour mesurer l'impact de la recherche en SHS.

Toutes les agences travaillent avec l'ANR pour assurer le financement de projets communs. Comme le souligne le président d'AVIESAN, « le financement de la recherche est assuré par l'ANR. Le rôle de l'alliance de donner une cohérence à la recherche ».

Ces propos sont confirmés par le président d'Alllistène, pour qui les alliances n'ont pas vocation à lancer des appels à projet. Leur objectif est par contre de mieux coordonner l'action collective de manière que leurs membres répondent plus efficacement aux appels d'offres lancés par l'ANR. L'effet de levier est important, car les organismes investissent trois euros pour un euro apporté par l'Agence nationale de la recherche pour conduire un programme.

Les agences sont également en relation avec les pôles de compétitivité, ce qui leur permet de tisser des liens avec la recherche industrielle.

Un premier bilan de leur action a été présenté le 15 février 2011 à l'Office parlementaire par son président, M. Claude Birraux. Un an après, cette analyse conserve toute sa pertinence :

« L'expérience apparaît très concluante, avec une forte implication des grands organismes de recherche publique qui trouvent dans les alliances une instance de dialogue et de concertation assurant une collaboration étroite, de nature à dynamiser la recherche française. Ce dispositif innovant s'est donc révélé positif, en regroupant les initiatives, dans les domaines où les acteurs étaient nombreux et dispersés, comme celui des sciences du vivant, et en concentrant les moyens dans les domaines où les acteurs étaient limités et où il était nécessaire d'opérer des choix stratégiques, comme le numérique. En outre, la création d'une alliance consacrée aux sciences humaines et sociales, ATHENA, répond à la nécessité de mieux assurer le lien entre la science et la société. Cette alliance a vocation à constituer un axe horizontal entre toutes les alliances et à traiter des questions de l'interface entre les différentes alliances. Elle vient donc compléter utilement le dispositif d'ensemble.

Bien que récentes, les alliances de recherche ont déjà accompli un important travail de réflexion et constitué des groupes programmatiques déclinés par thématiques. Ces initiatives doivent d'autant plus être saluées que les différents acteurs concernés prennent sur leur temps et leurs moyens, dans la mesure où le principe même des Alliances est de fonctionner sur des structures légères, avec des ressources mobilisées uniquement en tant que de besoin.

Il est essentiel, pour la réalisation des objectifs de la stratégie nationale de recherche et d'innovation, que cet enthousiasme et cette mobilisation indéniables des grands organismes publics à l'égard du dispositif des alliances débouchent sur des réalisations concrètes. Pour y parvenir, le travail réalisé au sein des groupes programmatiques doit être valorisé par une prise en compte dans les différents circuits de financement de la recherche.

Du côté de l'Agence nationale de la recherche, la prise en compte des premiers travaux de structuration des priorités par les Alliances a été rendue difficile par l'antériorité de la programmation pluriannuelle fixée pour la période 2011-2013. Néanmoins, les responsables de l'Agence ont marqué leur volonté que les options retenues par les Alliances soient intégrées, à l'avenir, dans le processus de sélection opéré par les appels à projets thématiques. Cette dimension supplémentaire d'identification des priorités apportée par les alliances apparaît d'autant plus importante que les moyens de l'Agence vont se resserrant (il est question d'une réduction de 14 % pour l'année prochaine), et que les appels à projets thématiques ne portent que sur la moitié du budget d'intervention, compte tenu de la part de 50 % des projets dits « blancs ».

S'agissant du Commissariat général à l'investissement, les alliances n'ont pas participé de manière directe à la première vague des projets retenus dans le cadre des investissements d'avenir. Une deuxième vague d'appels à projets est prévue dans les prochains mois. Il serait souhaitable que la programmation élaborée par les alliances puisse y trouver sa place. A cet égard, j'ai rencontré récemment M. René Ricol, Commissaire général à l'investissement, lors d'un contact informel qui a ouvert la voie à une prochaine réunion d'ici l'été entre lui-même et les présidents des Alliances. M. Ricol perçoit la mise en place des Alliances comme un effort bienvenu de simplification des instances de pilotage de la recherche publique française, et n'exclut pas la possibilité d'une coopération avec les structures de gestion du grand emprunt, au moins à l'échelon des processus de valorisation.

Dans la mesure où les alliances font jouer les synergies entre organismes publics de recherche, évitent le saupoudrage, les empilements et les chevauchements, et au contraire, concentrent les moyens financiers, elles devraient permettre de faire émerger plus facilement les partenariats public-privé indispensables pour que la recherche se traduise en innovation et débouche sur davantage de croissance et d'emploi. Il ne pourra , en effet, être remédié efficacement à l'insuffisance chronique de la recherche privée française qu'à la condition que la recherche publique donne une impulsion forte , en faisant jouer un effet de levier, une des vocations de la recherche publique étant d'ouvrir la voie pour inciter les industriels à concentrer des moyens supplémentaires sur les objectifs poursuivis. Une mobilisation plus efficace des ressources publiques devrait en outre servir de support au développement de collaborations avec les fondations privées, comme avec les fondations de recherche créées par les universités.

Enfin, les alliances devraient contribuer à orienter de manière plus efficace les ressources européennes de financement en direction de la recherche française. Elles devraient donner un poids plus important aux démarches directes de la recherche française pour l'accès aux soutiens ouverts par les programmes communautaires. Par ailleurs, en facilitant le dialogue avec les instances équivalentes, existantes ou à venir, dans les autres pays membres, elles pourraient devenir l'instrument de projets communs de recherche, construits sur le modèle « Eureka » des coopérations interétatiques. La logique « Eureka », telle qu'elle a été conçue en 1985, tire sa force d'une gestion équilibrée entre, d'une part, les soutiens nationaux, et d'autre part, les retombées pour chacun des pays membres des projets « Eureka ». Des coopérations au niveau des alliances nationales seraient une manière de réactiver ce schéma d'organisation au profit, non plus seulement de la recherche précompétitive, mais aussi, en amont, des recherches appliquée et fondamentale, en suscitant, le cas échéant, un complément de financement communautaire. A terme, de telles coopérations interétatiques, combinant l'ambition des objectifs et le réalisme des partenariats, devraient favoriser l'émergence de véritables clusters européens associant entreprises, centres de recherche et universités autour de projets innovants.

Les alliances, en tant qu'instrument d'une concertation approfondie entre les organismes publics de recherche française, apparaissent ainsi comme l'une des manières de mettre en oeuvre concrètement la stratégie  Europe 2020 ».

La stratégie d'alliance doit aller de pair avec des moyens affectés à ces axes stratégiques prioritaires. Il faut ainsi choisir de renforcer les coopérations au niveau national et européen mais également de financer ces secteurs. A notre avis, ce n'est pas à l'ANR de fixer seule les orientations stratégiques, celles-ci devant être discutées ainsi que les moyens qui leurs sont consacrées notamment au travers de l'OPECST, en amont du vote du budget.

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