Question de M. MOHAMED SOILIHI Thani (Mayotte - RDPI) publiée le 05/02/2026
M. Thani Mohamed Soilihi appelle l'attention de M. le ministre délégué auprès de la ministre de l'action et des comptes publics, chargé de la fonction publique et de la réforme de l'État sur les conditions d'application du décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 relatif au régime de certains congés pour raison de santé des fonctionnaires et des agents contractuels de l'État dans les départements et régions d'outre-mer.
Ce décret prévoit, depuis le 1er septembre 2024, le maintien partiel du régime indemnitaire en cas de congé de longue maladie ou de congé de grave maladie, à hauteur de 33 % la première année, puis de 60 % les deuxième et troisième années, en substitution à la suspension totale auparavant en vigueur.
Toutefois, dans les départements et régions d'outre-mer, de nombreux agents et représentants syndicaux signalent que l'application de ces nouvelles dispositions conduit, en pratique, à une baisse sensible de la rémunération globale des agents concernés, en raison notamment des modalités de prise en compte des primes, indemnités et majorations spécifiques liées aux sujétions ultramarines, telles que la vie chère notamment.
Ces situations engendrent des difficultés financières importantes pour des agents déjà fragilisés par leur état de santé et font apparaître des interprétations divergentes du texte selon les services de l'État.
Dans ce contexte, il lui demande quelles instructions ont été données aux services de l'État afin de garantir une application uniforme du décret dans les départements et régions d'outre-mer et quelles mesures le Gouvernement entend prendre pour éviter toute perte de rémunération des agents en congé pour raison de santé dans ces territoires.
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Transmise au Ministère de l'action et des comptes publics
Réponse du Ministère de l'action et des comptes publics publiée le 01/10/2026
Selon une jurisprudence constante du Conseil d'État, la majoration de traitement accordée aux fonctionnaires en service dans les départements d'outre-mer sur le fondement de la loi du 3 avril 1950 et des textes qui l'ont complétée, « liée au séjour de l'agent dans un département d'outre-mer et, par suite, attachée à l'exercice des fonctions », constitue une indemnité (CE, 28 décembre 2001, n° 236161, mentionné aux tables du recueil Lebon, et CE, 14 novembre 2012, n° 356171). L'article 1er du décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés a introduit, dans la fonction publique de l'Etat, un principe général de maintien des primes et indemnités dans les mêmes proportions que le traitement en congé de maladie, avec des règles particulières pour certaines catégories de régimes indemnitaires. L'article L. 822-3 du code général de la fonction publique prévoit que le fonctionnaire en congé de maladie perçoit, pendant trois mois, 90 % de son traitement puis pendant les neuf autres mois, la moitié de son traitement. Dès lors, la majoration de traitement doit être maintenue, en congé de maladie ordinaire, à hauteur de 90 % les trois premiers mois puis 50 % les neuf mois suivants. S'agissant du congé de longue maladie, jusqu'à la mise en oeuvre des modalités d'indemnisation prévues par le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024, l'article 37 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation de médecins agréés, à l'organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires était applicable. Il prévoyait le maintien des « avantages familiaux et la totalité ou la moitié des indemnités accessoires, à l'exclusion de celles qui sont attachées à l'exercice des fonctions ou qui ont le caractère de remboursement de frais. » La majoration outre-mer n'avait ainsi pas vocation à être maintenue en congé de longue maladie. Le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 relatif au régime de certains congés pour raison de santé des fonctionnaires et des agents contractuels de l'Etat a instauré, pour ces agents, un principe de maintien des primes et indemnités en cas de longue maladie, à hauteur de 33 % la première année et 60 % les deux années suivantes, avec des règles spécifiques pour certains régimes indemnitaires, comme c'est le cas pour le congé de maladie ordinaire. Il a ainsi institué un nouveau régime de maintien de rémunération plus favorable en congé de longue maladie. Ce décret qui n'a pas de caractère rétroactif a pu engendrer des difficultés de mise en oeuvre à l'origine de trop-perçus. Les agents concernés par le recouvrement de sommes indues ont en principe reçu un courrier précisant les modalités permettant de solliciter un échéancier de paiement auprès du comptable en charge du recouvrement en cas de difficultés financières. S'ils n'ont pas reçu ce courrier, il leur est recommandé de à se rapprocher de leur service RH. À cet égard, les ordonnateurs, en lien avec les comptables, ont été invités à être particulièrement attentifs à la situation des agents concernés afin de faciliter, le cas échéant, des étalements des remboursements des trop-perçus. Afin de tenir compte de la situation particulière des agents affectés outre-mer, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 a modifié ce régime. Son article 10 prévoit désormais que les majorations et indexations relatives à une affectation outre-mer sont maintenues dans les mêmes proportions que le traitement. Ainsi, pour les rémunérations dues à compter du 1er septembre 2026, un fonctionnaire placé en congé de longue maladie conserve 100 % de ces majorations et indexations pendant la première année du congé, puis 60 % pendant les deuxième et troisième années. Cette évolution met ainsi fin, pour les rémunérations dues à compter du 1er septembre 2026, à la réduction à 33 % des majorations et indexations liées à l'affectation outre-mer pendant la première année de congé de longue ou de grave maladie.
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