2. Sur le plan contentieux
La France est, du fait des faiblesses de son système juridictionnel considéré comme l'un des facteurs principaux du manque de brevets en France, particulièrement intéressée à la mise en place d'un contentieux harmonisé communautaire.
Si tous les Etats membres à l'exception de l'Allemagne semblent accepter de confier au juge communautaire la compétence pour connaître du contentieux de la contrefaçon et de la nullité du brevet communautaire en appel, ils sont en revanche divisés sur deux questions.
- le traitement de la première instance
La majorité des Etats membres demande que la première instance, tout en étant communautaire, soit décentralisée au niveau de chaque Etat membre ; par exemple en créant 15 juridictions communautaires spécialisées de première instance ou une juridiction unique, mais qui comprendrait des chambres locales. L'idée de la constitution de chambres régionales de première instance, situées par exemple par grandes régions ou par zones linguistiques, est également avancée.
La France est favorable à un traitement centralisé et communautaire dès la première instance . Le Luxembourg, la Belgique (moins virulente cependant depuis qu'elle préside), l'Autriche et l'Irlande partagent cette opinion, mais avec une moindre conviction.
- la question du rôle des offices nationaux
Certaines délégations utilisent la négociation sur le brevet communautaire pour essayer de reprendre des compétences qu'elles ont déléguées à l'Office européen des brevets dans le cadre du brevet européen . L'Espagne, la Suède, le Danemark, l'Allemagne et la Grande-Bretagne souhaitent ainsi pouvoir jouer un rôle actif dans la préparation de la décision d'octroi d'un brevet communautaire, s'agissant de la recherche d'antériorités ou même de l'examen.
La question du rôle des offices nationaux a en effet des implications financières qui peuvent être importantes pour les petits offices, puisqu'une grande part de leurs ressources provient actuellement des redevances sur les brevets qu'elles perçoivent en tant qu'Etats destinataires. Or, l'article 25 de la proposition de règlement prévoit que ces taxes seront dorénavant perçues par l'Office.
L'Allemagne souhaite défendre le rôle de son office national (en vertu du principe de subsidiarité), d'autant plus qu'elle est opposée à ce qu'un organe non communautaire (l'Office européen des brevets) soit compétent pour le traitement des brevets communautaires.
La Commission européenne ne semble pas opposée à cette solution, qui présente pourtant des inconvénients certains au regard des exigences de sécurité juridique. Elle souhaiterait simplement dans ce cas que la sous-traitance à des offices nationaux se fasse sur des critères de qualité, de délai et d'uniformité définis par elle, et que l'Office européen des brevets reprenne in fine le contrôle de l'instruction de la demande et en termine l'examen.
La France, la Belgique et l'Irlande y sont opposées, de même que l'Office européen des brevets, car elles considèrent que la centralisation du système à l'Office européen des brevets est un gage de neutralité et d'expertise technique.
La France cherche avant tout à éviter la mise en place d'un système de reconnaissance mutuelle des décisions nationales, qui reviendrait à ce que l'office national qui brevète le plus, c'est à dire l'office britannique, ne détermine en fait le droit des brevets en Europe.
La France est donc totalement opposée à toute sous-traitance aux offices nationaux.