2. 2.- L'audit interne
Une inspection générale a été créée en 1993 mais elle s'est surtout consacrée au contrôle des ADASEA et des délégations régionales sous l'angle de l'efficience et de l'efficacité et non de la régularité du traitement des dossiers. Pour cela, une mission d'audit interne a été instituée dès 1995 au sein de l'inspection générale mais ses moyens étaient très faibles. Dans son rapport sur l'exercice 1998, la commission de certification des comptes des organismes payeurs (CCCOP) soulignait que l'audit interne est la « clé de voûte du système » de contrôle et que le CNASEA devait engager un « effort conséquent et soutenu afin de résorber les retards et dysfonctionnements accumulés ».
Le CNASEA n'a pas fait cet effort, les moyens mis en oeuvre étant insuffisants, et la CCCOP s'est vue obligée de lui recommander, dans son rapport sur l'exercice 2002, de présenter un programme d'audit réaliste et de procéder à une réalisation effective de ce programme.
La CCCOP a aussi souligné à plusieurs reprises que la séparation entre les services d'audit interne du CNASEA et du MAAPAR pour les mêmes mesures, gérées en partie par le CNASEA et en partie par les DDAF, pouvait nuire à la qualité des audits. Elle recommande une étroite collaboration entre ces services d'audit. Le directeur général du CNASEA et le responsable des services d'audit du ministère ont bien signé en octobre 2001 une convention de coopération mais, en pratique, sa portée est très faible. En 2002, ces services ont ainsi procédé séparément à des audits des CTE en s'ignorant.
L'inspection générale et la mission d'audit ne sont intervenues que dans le secteur agricole.