b) Les reproches multiples
Les reproches sont par contre plus nombreux et, semble-t-il, plus consistants en ce qui concerne la rédaction des avis et la temporalité dans la communication.
Ces remarques concernent essentiellement les périodes de crises, les dossiers sensibles ESB, notamment les farines animales, tremblante du mouton par exemple. Cet aspect qui en fait illustre les limites du succès de l'AFSSA a été traité dans la première partie (l'évaluation globale).
La rédaction de l'avis : le contenu même de l'avis ne laisserait guère de marge de choix aux ministères chargés de la décision en aval : dans le cas des farines animales par exemple.
La multiplicité des avis successifs sur la même question contribue indiscutablement à « faire monter la pression » dans l'opinion et ce, sans réelle justification scientifique. Certes, la mise en garde rituelle et fondée le plus souvent « dans l'état actuel de nos connaissances scientifiques et de nos informations » peut fournir une telle justification, mais cela n'autorise pas pour autant une attitude qui peut aller à l'encontre de l'objectif de transparence et de sérénité affiché.
L'une des critiques la plus tangible est celle portant sur le délai insuffisant laissé aux autorités de tutelle pour prendre connaissance de l'avis avant sa diffusion dans le public.
Sur les questions les plus sensibles, cela a souvent été le cas. Il n'appartient évidemment pas au Parlement de préciser les règles de fonctionnement à cet égard. Mais on peut souhaiter que tout soit fait pour ne pas donner prise à ces critiques ; sinon le soupçon de la volonté de bousculer l'équilibre instauré par la loi entre l'Agence et les autorités ministérielle prendrait une consistance certaine, ce qui pourrait entraîner des attitudes regrettables par rapport aux progrès acquis en matière de transparence.
D'une manière générale, une certaine ardeur excessive de communication qu'a manifestée l'Agence pendant ses trois ou quatre premières années d'existence est retombée, ce qui apparaît positif.
Au-delà de règles de bon fonctionnement, de bon voisinage et de bon sens qui ne paraissent pas trop difficiles à trouver et à respecter, un ou deux principes simples peuvent être retenus : bannir le principe de la communication immédiate dès lors qu'il n'y a pas urgence : la capacité physique à tout présenter sur Internet ne justifie pas l'affichage automatique ; dans le même esprit une périodicité de publication régulière faciliterait la résolution de ce problème réel.
La conception de l'avis lui-même a fait l'objet de remarques de différents horizons. Les avis de l'Agence sont signés du directeur général personnellement engagé scientifiquement et juridiquement. Mais le texte de l'avis du comité d'expert n'est pas publié, ce que certains regrettent. Il reste que le directeur général peut disposer d'une marge d'appréciation. La lisibilité, la nécessité du caractère opératoire de l'avis rendu peuvent justifier ce décalage quand il existe. Toutefois, pour limiter la portée de cette difficulté, la mention sur l'avis de l'AFSSA de l'absence d'objection du président du comité (« nihil obstat ») serait à envisager.
De même, l'absence de coordination entre les avis des comités d'experts lorsque plusieurs d'entre eux sont concernés par une saisine devrait aisément être surmontée car elle est injustifiable. Par ailleurs, il serait souhaitable de faire fonctionner le Conseil scientifique en formation restreinte, ce qui est prévu par les textes (art. R794-22), cela permettrait de faciliter la cohérence entre les avis de dix comités d'experts spécialisés.