2. Le défaut de contrôle de la mise en oeuvre de la réforme budgétaire et comptable
Si les principes de comptabilisation selon les règles de la comptabilité d'engagement ont bien été respectés, la mise en application des nouveaux schémas a, en revanche, conduit à des désordres comptables graves dont la résorption n'a véritablement été entamée qu'en 2005. Jusqu'en 2004 les comptes ne traduisent pas l'ensemble des créances et des dettes de l'organisme. Les traitements informatiques et comptables des opérations ont généré de multiples erreurs qui ont provoqué des désalignements d'écritures (des remboursements d'avances n'ayant pu être appariés aux créances qu'ils étaient censés éteindre) et entraîné la constitution de soldes anormaux dans les comptes de bilan. La Cour a constaté, comme on le verra en détail infra , l'absence de justifications pour un grand nombre d'écritures ainsi que la comptabilisation d'un volume important d'opérations dans des comptes d'attente, toujours en instance d'être régularisés.
La Cour estime que l'ANVAR aurait dû faire appel à des auditeurs extérieurs dans la période qui a suivi l'instauration des nouvelles procédures budgétaires et comptables, afin d'en vérifier la mise en application et de tester le nouveau dispositif. La mise en oeuvre du nouveau dispositif budgétaire et comptable n'a été ni maîtrisée, ni contrôlée.