1. Les conséquences des défaillances du compte 2004 pour le juge des comptes : un compte qui n'est pas en état d'examen
Le compte financier doit être présenté au juge des comptes en état d'examen. Le compte 2004 n'est pas, pour de multiples raisons, en état d'examen.
a) Des informations incomplètes
Contrairement aux dispositions réglementaires, aucun état de développement de soldes exhaustif, aucun état de restes à recouvrer ou à payer, aucun état d'accord entre comptable principal et comptables secondaires ou régisseurs n'a été produit à la Cour avec le compte financier 2004. Le comptable aurait toutefois bien établi ces états. Les deux derniers états cités devaient être produits, selon les indications données par la DGCP lors de l'audition du 6 septembre 2006, mais ils ne l'ont pas été à ce jour.
b) Des comptes en grande partie erronés
Les comptes 2004 sont entachés des erreurs évoquées supra. Bien que quelques corrections aient été apportées aux erreurs antérieures à 2004, notamment en ce qui concerne les comptes de régularisation, le compte financier n'a pas été redressé. La plupart des défaillances observées lors des exercices précédents, se sont soit maintenues, soit aggravées au cours de l'année 2004.
La Cour a en conséquence, par arrêt du 30 juin 2006, renvoyé le compte pour mise en état d'examen.
Lors de l'audition du 6 septembre 2006, la direction générale de la comptabilité publique et OSEO ANVAR ont considéré que la correction des erreurs du compte 2004 avait été poussée aussi loin que possible. Un tel constat signifie que l'on accepte qu'un établissement public ne rende pas de compte.
2. Les conséquences fiscales des défaillances du compte 2004
Les défaillances précitées ont aussi eu pour conséquence de priver l'agence de la faculté de reporter son important déficit 2004 (261 M€), possibilité qu'ouvrent les règles de l'impôt sur les sociétés. Cette conséquence est apparue en juillet 2006 à la suite des discussions entre OSEO ANVAR et l'administration fiscale.