B. LES AUTRES IMPÔTS
1. L'assujettissement aux impôts locaux
La diffusion technologique et scientifique participe au maintien, au développement et au rayonnement national et international des sites sur lesquels sont implantées les universités. A ce titre, il ne paraît pas pertinent que cette activité contribue à l'accroissement des charges de fonctionnement des établissements de recherche.
Les universités, et plus largement l'ensemble des établissements de recherche ne bénéficient pas par principe d'une exonération de taxes locales. Cependant, chaque collectivité peut décider d'exonérer de taxes locales les établissements qu'elle accueille.
Votre rapporteur spécial s'interroge sur la nécessité de sensibiliser davantage les collectivités territoriales à ce sujet afin que les conditions les plus favorables au développement de la valorisation soient réunies.
2. La taxe sur la valeur ajoutée
Le régime de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) applicable aux universités est relativement complexe. Ainsi votre rapporteur spécial ne souhaite aborder dans le cadre de ce rapport que les difficultés qui ont été posées ou se posent encore compte tenu des différences qui peuvent exister entre les différents établissements publics.
En effet, plusieurs différences ont été constatées entre les établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel, catégorie dont relèvent les universités, et les établissements à caractère scientifique et technique (EPST), tel par exemple le CNRS.
Si une harmonisation des régimes a été opérée en 2005, il semble encore subsister un problème au niveau des subventions versées par l'Agence nationale de la recherche . En effet, les possibilités de récupérer la TVA diffèrent selon que ces subventions sont versées à un EPSCP ou à un EPST. Les EPST peuvent procéder à cette récupération à l'inverse des universités et plus largement des EPSCP.
Cette situation a pour conséquence concrète d'influencer le choix du gestionnaire d'une unité mixte de recherche. Or comme cela l'a été exposé au début de ce rapport, les unités mixtes de recherche impliquent plus de la moitié des équipes de recherche des universités et leur gestion implique la définition de critères objectifs basés sur les compétences.
Votre rapporteur spécial souhaite que ces situations soient harmonisées rapidement.