B. PRINCIPALES IMPLICATIONS DE LA LOI DE 2021
1. Communication des données génétiques incidentes
a) Le recueil du consentement
La communication de résultats d'examens génétiques sans lien avec l'indication initiale du test (données incidentes), permise par la loi de 2021, a soulevé des questions éthiques importantes.
Au préalable, il convient de noter que la probabilité de découverte de données incidentes dépend de la technique d'analyse génétique employée. Une méthode d'analyse ciblée, telle que la méthode FISH qui recherche une anomalie chromosomique spécifique, ou bien le séquençage d'un panel restreint de gènes impliqués dans la maladie recherchée, n'ont pas ou très peu de risque de mener à la découverte de données incidentes528(*). À l'inverse, des méthodes d'analyse non ciblées, telles que le séquençage de l'exome ou du génome entier, qui permettent par exemple de rechercher la cause génétique d'une maladie rare, ont beaucoup plus de chances de mener à la découverte fortuite d'informations non initialement recherchées. Si ces méthodes d'analyse ne sont aujourd'hui utilisées que dans une minorité d'examens de génétique constitutionnelle (en 2023, quelques dizaines de milliers par an sur les près de 560 000 individus testés), le recours à ces techniques est en pleine expansion : entre 2022 et 2023, le recours à l'exome en postnatal s'est accru de 40 %529(*) et de 100 % en prénatal530(*) ; le nombre de comptes-rendus issus des plateformes de séquençage du PFMG a augmenté de 38 %.
La loi de bioéthique de 2021 stipule que seules les données incidentes « dont la connaissance permettrait à la personne ou aux membres de sa famille de bénéficier de mesures de prévention, y compris de conseil en génétique, ou de soins » peuvent être communiquées, si la personne y a consenti avant la réalisation de l'examen. La loi mentionne qu'avant le recueil du consentement de la personne au rendu des données incidentes, celle-ci est informée « des risques qu'un refus ferait courir aux membres de sa famille potentiellement concernés ».
De l'avis des professionnels eux-mêmes, la génétique médicale est une discipline complexe, dont certains principes peuvent être difficiles à appréhender pour le grand public. Ainsi se pose la question de la manière dont le patient peut et doit être informé avant la réalisation d'un examen génétique, afin de recueillir son consentement éclairé par écrit. En effet, le décret d'application n° 2023-1426 stipule que le modèle de « l'expression écrite [du] consentement » de la personne « est fixé par arrêté du ministre chargé de la santé après avis de l'agence de la biomédecine », et que préalablement au recueil de son consentement, la personne doit être informée au sujet de la maladie recherchée et de la nécessité d'informer ses apparentés en cas de diagnostic, mais doit également être informée du risque de découverte de données incidentes.
Afin d'aboutir à ce modèle de consentement, l'ABM a piloté un groupe de travail en lien avec le ministère de la santé. La manière d'informer la personne qui fait le test est un sujet délicat et complexe : faut-il lui fournir une information la plus exhaustive possible pour garantir un consentement réellement éclairé, au risque que les documents ne soient pas lus entièrement et/ou ne soient pas bien compris, ou bien faut-il opter pour une information plus concise et accessible, au risque que les implications des données incidentes ne soient pas pleinement saisies par la personne ? Les discussions entre l'ABM et le ministère sont toujours en cours.
b) Le consentement à l'épreuve de la pratique
En attendant la publication d'un modèle de consentement harmonisé, les professionnels mettent en place des stratégies ad hoc de recueil de consentement des patients concernant les données incidentes et, le cas échéant, de leur rendu.
Si les professionnels entendus par les rapporteurs au cours des auditions et visites ont indiqué faire un véritable effort de pédagogie auprès des patients avant le recueil du consentement, et ne semblent pas avoir relevé de cas de refus de consentement à la communication de données incidentes, ils soulignent cependant la difficulté d'adapter la communication à des situations de vie réelle. Ainsi, il n'est pas toujours aisé de prendre le temps d'une explication exhaustive au cours d'une consultation, par exemple dans le cas de parents venant consulter pour leur enfant atteint d'un trouble du développement, l'enfant pouvant avoir du mal à rester calme au cours de la consultation, et les parents étant anxieux d'enfin obtenir une réponse quant à l'origine de la pathologie de leur enfant.
L'Alliance maladies rares, qui regroupe 240 associations de patients, a fait remarquer que « le périmètre des données communicables reste insuffisamment clarifié, ce qui conduit à des pratiques hétérogènes et à des situations parfois éthiquement délicates »531(*).
Le docteur El Chehadeh souligne également que dans le cas de maladies rares touchant un enfant, il est très courant de séquencer en même temps le génome ou l'exome de l'enfant et celui de ses parents, afin de faciliter l'identification de variations génétiques dont seul l'enfant, et non ses parents, serait porteur. Ce faisant, le séquençage du génome ou de l'exome des parents pourrait révéler des données incidentes, alors même que ceux-ci ne sont a priori pas malades. L'information donnée par le médecin prescripteur peut ainsi mener les parents à s'inquiéter non seulement du résultat du test pour leur enfant (un diagnostic de la maladie pourra-t-il être posé ?) mais également pour leur propre santé (« va-t-on me trouver une prédisposition à un cancer ? »).
Un autre point d'attention est que la loi de bioéthique stipule que les données incidentes qui peuvent être communiquées sont celles « dont la connaissance permettrait à la personne ou aux membres de sa famille de bénéficier de mesures de prévention, y compris de conseil en génétique, ou de soins ». Or, la présence d'un variant génétique pathogène n'est pas une garantie que la maladie associée se développera chez cette personne, pour les maladies ayant une pénétrance incomplète et/ou une expression variable. Le rendu de certaines informations pourrait donc être au bénéfice des apparentés plutôt que de la personne elle-même.
Les professionnels entendus insistent sur l'importance de la communication entre les biologistes analysant les données génétiques et le médecin prescripteur. Ainsi, un biologiste ayant découvert des données incidentes peut par exemple contacter le prescripteur afin de déterminer si la maladie concernée s'est déjà déclarée chez des apparentés de la personne concernée, afin d'évaluer l'impact que le rendu des données pourrait avoir et la manière dont le prescripteur pourra présenter le résultat.
c) Les données incidentes chez les personnes mineures
Les examens génétiques s'appliquant aussi aux personnes mineures, par exemple pour le diagnostic d'une maladie rare, la découverte de données incidentes peut également les concerner. Dans ce cas, le décret précité stipule que les données incidentes « sont communiquées aux personnes titulaires de l'autorité parentale, ainsi que l'obligation qui leur incombe d'en informer le mineur selon son âge et son degré de maturité et, au plus tard, à sa majorité ». Les professionnels entendus ont fait remarquer que cela créée une difficulté liée au fait que l'examen génétique et le rendu des données génétiques est consenti par les parents, privant donc l'enfant de son droit à « ne pas savoir ».
L'ABM a également fait remarquer que ce décret d'application avait prévu qu'un examen génétique pouvait être prescrit chez un mineur « si celui-ci ou sa famille peuvent personnellement bénéficier de mesures préventives ou curatives immédiates »532(*), alors que les données incidentes découvertes doivent être communiquées si elles peuvent « être responsables d'une affection grave chez elle ou chez un membre de sa famille justifiant des mesures de prévention, y compris de conseil génétique, ou de soins »533(*). Cette différence entre la justification de la prescription d'un examen à une personne mineure et celle du rendu des données incidentes pour cette même personne interroge les professionnels. Cela fait partie des discussions en cours entre l'ABM et la DGS.
Enfin, les données de génétique constitutionnelle, par leur caractère immuable et en même temps par leur valeur prédictive variable, peuvent être source d'une grande angoisse à la fois pour les parents et leurs enfants.
Recommandation 45 : Faire preuve d'une vigilance particulière lorsque la loi et ses mesures d'application concernent les données génétiques des personnes mineures
Recommandation 46 : Évaluer l'impact du rendu de données incidentes pour les personnes mineures, en analysant leur potentiel bénéfice médical et leurs conséquences psychologiques à long terme pour l'enfant et ses parents
2. Dépistage néonatal
a) Ajout de l'amyotrophie spinale au programme de dépistage national
La loi de bioéthique de 2021 a ouvert la possibilité d'intégrer des examens de caractéristiques génétiques à la liste des tests réalisés en première intention dans le cadre du dépistage néonatal.
Dès 2022 s'est mis en place le projet de recherche DEPISMA, qui visait à évaluer la faisabilité d'intégrer le dépistage de l'amyotrophie spinale (« spinal muscular atrophy » ou SMA) au programme de dépistage néonatal français. Ce programme pilote a impliqué l'ensemble des maternités de la région Grand Est puis de la Nouvelle-Aquitaine534(*). Il a permis de démontrer la faisabilité d'un rendu des résultats en quelques jours seulement, condition indispensable à la mise en place rapide du traitement afin de garantir son efficacité. Sur la base des résultats de cette étude, la HAS a émis en 2024 un avis favorable pour l'intégration de la SMA au programme de dépistage national535(*). Depuis le 1er septembre 2025, le dépistage de la SMA a officiellement été ajouté au programme national536(*). En pratique, le prélèvement de l'échantillon se fait de la même manière que pour les autres tests néonataux, par un recueil de quelques gouttes de sang sur un papier buvard. L'analyse se fait par la méthode PCR, et est réalisée dans les centres régionaux de dépistage néonatal (CRDN), comme pour les autres tests.
Certains professionnels et associations de patients ont regretté le délai qui s'est écoulé entra l'autorisation de mise sur le marché obtenue en Europe en 2020 du Zolgensma®537(*), thérapie génique pour le traitement de la SMA ayant reçu une évaluation favorable de remboursement de la HAS la même année538(*), et l'ajout de la SMA au programme national de dépistage néonatal, qui n'est intervenu que cinq ans plus tard539(*).
En outre, les professionnels entendus ont fait part de difficultés pour l'acheminement rapide des buvards vers les centres d'analyse. En effet, La Poste ne propose plus de livraison de lettre sous 24 heures, seulement 72 heures, ce qui peut être trop long pour certaines maladies dont les symptômes peuvent apparaître au bout de quelques jours de vie. Le ministère de la santé a été interpellé sur le sujet, et de nouvelles solutions de transport sont à l'étude.
b) Consentement au dépistage néonatal
Si le dépistage néonatal en général est soumis au consentement des parents, le dépistage de la SMA requiert un consentement écrit spécifique puisqu'il nécessite la réalisation d'un examen de caractéristiques génétiques. Lors de son audition, le président de la Société française du dépistage néonatal (SFDN), indiquait qu'entre septembre et octobre 2025, 0,45 % des parents avaient refusé la réalisation du dépistage de la SMA (examen génétique), tout en acceptant le dépistage des autres maladies. Les refus de tous les examens de dépistage s'élevaient à 0,12 % durant la même période. Si le refus de dépistage néonatal représente un faible pourcentage de parents, il est néanmoins en augmentation constante depuis 2011. Ce taux de refus « général » est en effet passé de 0,075 % en 2023 à 0,12 % pour ces deux mois de 2025. À ce stade, il n'est pas exclu que la demande de consentement à un examen génétique entraîne le refus de l'ensemble des tests, y compris de ceux réalisés via des analyses biochimiques. La pandémie de covid-19 a probablement également impacté la confiance des parents dans les campagnes de santé publique. Il convient aussi de noter d'importants retards pour l'obtention du consentement à la réalisation des examens de la part de l'Aide sociale à l'enfance pour les enfants nés sous X.
Selon ces chiffres, ce sont 503 enfants qui n'avaient pas bénéficié du dépistage de la SMA entre septembre et octobre 2025. En extrapolant, la SFDN estime que si ces observations se maintiennent, cela équivaudra à ce que tous les 20 mois, un enfant atteint de SMA ne soit pas dépisté.
Néanmoins, malgré ces refus, le dépistage néonatal est un programme de santé publique qui fonctionne bien, et auquel la population est sensible. Dans ce cadre aussi, l'information délivrée aux personnes en amont de la réalisation des tests est cruciale. En effet, les parents sont en général informés de ces tests à la maternité, aux premiers jours de la vie de l'enfant. Idéalement cette information devrait pouvoir leur être délivrée avant la naissance, mais aucun dispositif allant dans ce sens n'a jusqu'ici pu être validé au niveau national.
c) Programme de recherche PERIGENOMED : étendre le dépistage néonatal par séquençage du génome
La baisse des coûts des méthodes de séquençage du génome, l'apparition de nouvelles thérapies pour certaines maladies rares et l'autorisation par la loi de bioéthique de 2021 de l'intégration d'examens génétiques au programme de dépistage néonatal, ont conduit à concevoir un projet de recherche d'extension du programme de dépistage à un grand nombre de maladies rares par séquençage du génome : PERIGENOMED (pour « PERinatal GENOmic MEDicine »). Ce programme est porté par la fédération hospitalo-universitaire (FHU) TRANSLAD, qui réunit les CHU de Dijon et de Besançon, les universités de Bourgogne et de Franche-Comté, et l'Inserm540(*).
Les maladies incluses dans ce programme de recherche sont des pathologies se développant avant l'âge de cinq ans et pour lesquelles un dépistage précoce offrirait un bénéfice clinique direct à l'enfant. Une première liste de maladies a été mise en point sur la base de standards internationaux et soumis pour avis aux spécialistes des filières maladies rares. Elle compte 170 maladies rares pour lesquelles un traitement ou des mesures préventives efficaces existent, nécessitant l'analyse de 400 gènes différents541(*). Une liste secondaire incluant 218 maladies supplémentaires « actionnables » a également été établie, pour lesquels des traitements ou des mesures préventives à effet limité existent ou des essais cliniques pour de nouveaux traitements sont attendus à court terme.
Si la méthode de collecte des échantillons pourrait rester la même qu'aujourd'hui (gouttes de sang sur un buvard), la méthode d'analyse, elle, serait différente, puisqu'il s'agirait de séquencer le génome. Le séquençage est préféré à l'analyse d'un large panel de gènes, car celle-ci nécessite une mise à jour technique à chaque fois qu'une nouvelle maladie est intégrée au programme de dépistage. Pour l'interprétation des données, un filtre d'analyse bio-informatique permettant de ne « regarder » que les gènes validés pour le dépistage est appliqué.
Une phase préliminaire du projet, baptisée SeDeN (Séquençage et dépistage néonatal), a eu pour objectif d'évaluer l'acceptabilité du recours aux examens génétiques pour le dépistage néonatal à la fois par les professionnels de santé et par les parents de nouveau-nés. Les généticiens interrogés ont exprimé un soutien assez clair à l'utilisation de ces méthodes pour les maladies se développant dans l'enfance lorsque des traitements sont disponibles. Ils ont cependant soulevé des points d'attention, notamment sur la validité de l'analyse et de l'interprétation des données et la gestion des variants de signification incertaine542(*). Les jeunes parents interrogés étaient à 90 %tout à fait ou plutôt d'accord avec l'idée de dépister davantage de pathologies à la naissance à l'aide d'un test génétique, mais ils étaient 33 % à avoir des questions éthiques ou morales liées à ce dépistage543(*).
Une première phase de l'étude baptisée PERIGENOMED-CLINICS1 a démarré en 2025, pour valider la faisabilité du concept et évaluer l'acceptabilité du recours au séquençage du génome. Cette première phase implique cinq CHU pour le dépistage de 2 500 bébés, et les deux listes de maladies (traitables et actionnables) sont utilisées. Les premiers résultats montrent que l'objectif de rendu des résultats en quatre semaines (dix jours pour les résultats négatifs) a pu être tenu. Au CHU de Dijon, sur 700 nouveau-nés dont le génome a été séquencé, dix d'entre eux se sont révélés porteurs d'une anomalie génétique pathogène (bien que le dépistage soit dans l'intérêt premier de l'enfant, une maladie génétique dépistée pourra également concerner les parents potentiellement porteurs de la variation génétique). Le programme inclut, pour les enfants porteurs d'un variant pathogène, un suivi médical jusqu'à leurs cinq ans qui permettra une évaluation du bénéfice du dépistage néonatal et une comparaison avec des enfants diagnostiqués plus tardivement, ainsi qu'un suivi psychologique des familles concernées. Pour cette étude, seuls les variants reconnus comme pathogènes ou probablement pathogènes seront communiqués, et non les variants de signification incertaine544(*).
La deuxième phase de l'étude impliquera l'ensemble des maternités (publiques et privées) de cinq départements. Une nouvelle liste de gènes/maladies à inclure est en cours d'élaboration, en co-construction avec les filières maladies rares. Cette deuxième phase du projet devrait permettre une évaluation médico-économique du programme. Le déploiement du séquençage du génome sur l'ensemble du territoire rendrait en effet nécessaires des adaptations conséquentes : l'équipement des centres de dépistage néonatal en séquenceurs, l'implication de biologistes habilités à interpréter les résultats du séquençage. En outre, le coût du séquençage reste encore trop élevé pour un déploiement à l'ensemble des bébés naissant chaque année en France. Le programme PERIGENOMED vise donc aussi à évaluer la soutenabilité économique et organisationnelle du déploiement du dépistage néonatal génomique.
Il est intéressant de noter que le nombre de maladies intégrées aux plans nationaux de dépistage néonatal varie grandement d'un pays à l'autre : 16 en France, 9 au Royaume-Uni ou 29 au Portugal545(*). De nombreux projets de recherche concernant le dépistage néonatal génomique sont en cours dans les pays étrangers, certains faisant partie du consortium scientifique international IcoNS (International Consortium on Newborn Sequencing). Un programme de recherche nommé Screen4Care est par ailleurs mené à l'échelle européenne546(*).
Programmes de dépistage néonatal génomique dans le monde (2024)
Source : Livret de présentation PERIGENOMED (CHU de Dijon)
Le passage d'un dépistage fondé sur des examens génétiques avec la méthode PCR (utilisée pour la SMA) à l'utilisation du séquençage du génome pose un certain nombre de défis, à la fois scientifiques, organisationnels et médico-économiques. Les implications éthiques d'un tel changement de paradigme sont elles aussi nombreuses. Certaines d'entre elles seront développées dans la troisième partie du présent chapitre.
* 528 É. Consolino et al., « Caractéristiques génétiques : de la prescription au rendu des résultats et rôle des conseillers en génétique », art. cit.
* 529 Agence de la biomédecine, Rapport annuel d'activité de génétique postnatale, op. cit.
* 530 Agence de la biomédecine, Rapport annuel d'activité de diagnostic prénatal, op. cit.
* 531 Présentation de l'Alliance maladies rares au cours de l'audition publique de l'OPECST consacrée aux tests génétiques en santé le 5 février 2026.
* 532 Article R. 1131-5 du code de la santé publique.
* 533 Article R. 1131-5-1 du code de la santé publique.
* 534 AFM Téléthon, « DEPISMA », février 2025, https://www.afm-telethon.fr/fr/termes/depisma
* 535 Haute Autorité de santé, « La HAS propose l'extension du dépistage néonatal à l'amyotrophie spinale », juillet 2024, https://www.has-sante.fr/jcms/p_3529765/fr/la-has-propose-l-extension-du-depistage-neonatal-a-l-amyotrophie-spinale
* 536 Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre), « De nouvelles maladies dépistées chez les nouveau-nés à partir du 1er septembre 2025 », https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/actualites/A18411
* 537 AFM-Téléthon, « Le Zolgensma® dans la SMA », 24 novembre 2025, https://www.afm-telethon.fr/fr/vivre-avec-la-maladie/mon-parcours-de-soins/les-medicaments/le-zolgensmar-dans-la-sma
* 538 Haute Autorité de santé, « ZOLGENSMA (onasemnogene abeparvovec) », 2020, https://www.has-sante.fr/jcms/p_3224937/fr/zolgensma-onasemnogene-abeparvovec
* 539 Présentation de l'Alliance maladies rares au cours de l'audition publique de l'OPECST consacrée aux tests génétiques en santé le 5 février 2026, op. cit.
* 540 CHU Dijon, « Le projet PERIGENOMED », https://www.chu-dijon.fr/le-projet-perigenomed-0
* 541 C. Level et al., « PERIGENOMED-CLINICS 1-the first study on feasibility, acceptability and psychosocial impact of PERIGENOMED: a pilot project aimed at providing initial concrete evidence on the relevance of panel-based genome sequencing for newborn screening (NBS) in France », BMJ open, 15, no 10, octobre 2025, https://doi.org/10.1136/bmjopen-2025-105752
* 542 C. Level et al., « Healthcare Professionals' Views on Expanding Newborn Screening with or without Genomics in France: Results of the SeDeN-p2 Study », Research Square, 27 février 2026, https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-8743981/v1 (article en cours de revue)
* 543 C. Level et al., « Genomic newborn screening in France: from a social acceptability study to a pilot project », dans 56th Annual Conference of the European-Society-of-Human-Genetics (ESHG), Glasgow, United Kingdom, 2023, https://hal.science/hal-04513430
* 544 C. Level et al., « PERIGENOMED-CLINICS 1-the first study on feasibility, acceptability and psychosocial impact of PERIGENOMED: a pilot project aimed at providing initial concrete evidence on the relevance of panel-based genome sequencing for newborn screening (NBS) in France », art. cit.
* 545 CHU Dijon, Le projet PERIGENOMED, op. cit.
* 546 Screen4Care, « Qu'est-ce que Screen4Care ? », https://screen4care.eu/fr/the-project/screen4care