B. POUR UN NOUVEL ACTE DE L'AUTONOMIE DES UNIVERSITÉS
L'autonomie des universités demeure largement inachevée. Contrairement aux ambitions de la loi LRU, elle ne s'est pas accompagnée d'une véritable redéfinition des rapports entre les universités et l'État. Comme de nombreux interlocuteurs de la commission d'enquête l'ont souligné, l'autonomie des universités demeure en réalité entravée par les conditions de son exercice, les marges de manoeuvre des établissements en matière financière, académique et de gestion restant très limitées.
La rapporteure estime qu'il convient de donner pleinement aux universités les moyens de l'excellence académique, en faisant reposer les rapports entre l'État et les universités sur un équilibre renouvelé entre confiance, liberté et responsabilité.
1. Replacer l'État dans une position de stratège
a) Redéfinir les rôles respectifs de l'État et des universités
L'État demeure très présent dans le fonctionnement quotidien des établissements, du fait d'un contrôle financier et de la légalité des actes parfois tatillon, mais également d'une déconcentration largement inachevée dans plusieurs domaines, notamment les ressources humaines et l'offre de formation. De nombreuses procédures administratives et réglementaires continuent de faire intervenir le ministère et les rectorats dans la gestion courante des établissements, ce qui alourdit les circuits de décision et tend à une déresponsabilisation des acteurs. De nombreux intervenants ont également souligné le poids des différents mécanismes de contrôle, d'évaluation et de reporting ; plus que leur principe, c'est leur multiplication qui tend à une forme de saturation et participe d'une bureaucratisation croissante du pilotage du système universitaire.
Pour Thierry Coulhon, le système d'enseignement supérieur souffre d'un « problème de rapport à l'État », lié au fait que « le dialogue entre l'État et les établissements est demeuré trop centralisé, insuffisamment contractualisé et trop peu associé à une logique d'évaluation exigeante des résultats »689(*). À cet égard, Nathalie Drach-Temam a insisté sur la nécessité de « substituer au pilotage par micro-actions une vision à long terme » et de remplacer « la gestion actuelle par micro-actions par une véritable politique publique nationale dotée d'objectifs clairs, stables et partagés de la part de l'État »690(*). Dans un rapport récent consacré à la Dgesip, la Cour des comptes a d'ailleurs porté une appréciation sévère sur l'action de ce service, pointant une tutelle « à la valeur ajoutée limitée », dont le mode d'exercice « ne parvient pas à faire aboutir le processus d'autonomie des universités »691(*).
Achever l'autonomie des universités et poursuivre l'ambition de la loi LRU suppose moins un retrait de l'État qu'un changement de posture de sa part. Le Mesre doit ainsi voir son rôle évoluer d'une tutelle encore largement gestionnaire vers un pilotage stratégique, fondé sur l'accompagnement et d'évaluation des établissements, en lien avec le Hcéres.
Autrement dit, l'université doit, comme le prône le rapport des Assises du financement des universités en matière de ressources humaines, « devenir le lieu de la décision » dans ses principaux domaines d'action. À l'État reviendraient la définition de la stratégie en matière d'enseignement supérieur - avec un renouvellement de la Stranes -, la coordination des différents acteurs et l'allocation des moyens.
Ce repositionnement, qui participerait d'une « débureaucratisation » de l'enseignement supérieur et de la recherche, devrait aller de pair avec un véritable pilotage par la donnée. À cet égard, et comme l'a exposé Olivier Ginez, une délégation au numérique a récemment été créée auprès de la Dgesip et de la DGRI afin de « produire les données relatives à l'enseignement supérieur et à la recherche, à les piloter et à les partager avec les établissements »692(*).
b) Une démarche de contractualisation rénovée
La capacité d'action des établissements est également limitée par l'imprévisibilité de leurs financements. La SCSP demeure leur ressource principale, mais ses montants sont déterminés selon des modalités insuffisamment transparentes et souvent tardives. À cette incertitude s'ajoutent la part des financements compétitifs et l'absence de véritable pluriannualité des concours de l'État. En outre, les universités doivent parfois absorber les conséquences financières de décisions nationales non ou insuffisamment compensées par l'État.
La généralisation annoncée des Comp à 100 % vise à rehausser l'ambition initiale de la contractualisation entre l'État et les universités. Comme l'a exposé Sylvie Retailleau, ces Comp à 100 % « traduisent une volonté de passer d'une logique de microgestion à une logique de confiance, d'autonomie et d'évaluation a posteriori »693(*). Cette généralisation doit constituer l'occasion d'une refonte des modalités d'allocation des moyens des établissements, fondée sur une trajectoire pluriannuelle et un rééquilibrage entre la SCSP et les financements compétitifs. Ces derniers doivent être réservés au financement de la recherche et aux actions qui ne relèvent pas du financement ordinaire des missions obligatoires des universités.
Passer d'une logique de moyens à une logique de résultats doit enfin s'accompagner d'une simplification et d'une débureaucratisation de l'enseignement supérieur : l'État définirait les objectifs stratégiques et les indicateurs associés ; les universités auraient le libre choix des moyens pour les atteindre et devraient en rendre compte à l'échéance des Comp. Autrement dit, il s'agit de faire confiance aux établissements, en substituant à une logique de contrôle a priori une évaluation a posteriori.
La rapporteure souligne que la pertinence de la démarche de contractualisation dépend :
- des moyens alloués, qui doivent permettre aux établissements de disposer des marges de manoeuvre suffisantes ;
- de l'alignement des nouveaux Comp sur les mandats des présidents d'université, ce qui permettrait aux nouveaux exécutifs de s'engager, une fois élus, dans la démarche de contractualisation et d'en être comptables, et de leur fusion avec les contrats quinquennaux ;
- de la définition d'un nombre limité d'objectifs et d'indicateurs, adaptés aux spécificités de chaque établissement ;
- d'une évaluation rigoureuse, l'État devant pouvoir s'assurer de la réalisation des objectifs fixés.
Comme l'ont rappelé plusieurs interlocuteurs de la commission d'enquête, l'autonomie n'est pas l'indépendance. Il importe que les établissements rendent effectivement des comptes sur l'atteinte des objectifs fixés et que, en cas d'écarts persistants ou non justifiés, l'État puisse en tirer toutes les conséquences, y compris sur les dotations.
2. Des universités plus autonomes et responsables
La commission considère qu'il est nécessaire de renforcer l'autonomie réelle des universités dans plusieurs domaines clés, en vue de renforcer leur capacité d'initiative et d'adapter leur action à leurs enjeux.
a) Renforcer l'autonomie en matière de gestion des ressources humaines
Il ne peut y avoir d'autonomie effective sans marges de manoeuvre en matière de ressources humaines. Pour Philippe Roingeard, les universités « doivent pouvoir disposer de marges de gestion accrues, afin d'adapter plus finement leurs recrutements, leurs politiques indemnitaires et leurs organisations internes aux besoins de leurs projets scientifiques et pédagogiques, dans un cadre national garantissant les principes fondamentaux du service public »694(*).
Plusieurs pistes esquissées à cet effet pourraient être mises en oeuvre :
- une souplesse accrue dans la gestion de la masse salariale et des emplois, en mettant fin à de la segmentation des plafonds d'emplois695(*) ;
- une simplification du cadre de gestion statutaire, notamment par des rapprochements et des fusions de corps ;
- un renforcement de la déconcentration de la gestion des ressources humaines, l'université devant devenir « le lieu de droit commun pour l'instruction, la gestion et la décision » en la matière, notamment en ce qui concerne les personnels Biatss et les Esas696(*).
Si une plus grande autonomie dans la gestion des enseignants-chercheurs a été moins fréquemment mise en avant par les présidents d'université entendus, la commission estime qu'elle devrait être explorée, notamment en matière d'avancement, de promotion et d'organisation de leur service d'enseignement. Comme le suggère le rapport des Assises du financement des universités, il conviendrait d'examiner la possibilité « dans le cadre d'une contractualisation pluriannuelle, sur la base du volontariat et en cohérence avec les objectifs de l'établissement, d'adapter le temps de travail [des enseignants-chercheurs] aux diverses activités, à leurs évolutions et à leurs temporalités tout au long de la carrière »697(*). Le recours aux dispositifs visant à attirer les meilleurs talents internationaux - contrats LRU, chaires de professeur junior, etc. - devrait également être encouragé et facilité, notamment par le renforcement des marges de manoeuvre des établissements dans la gestion de leur masse salariale.
Enfin, les modalités de nomination des DGS est emblématique du caractère inachevé de l'autonomie des universités. Principal collaborateur du président, le DGS est pourtant nommé par le ministre, sur proposition du président de l'université. Comme le souligne l'IGÉSR, cette nomination par le ministre « n'est pas, aux termes de la loi, une simple formalité découlant d'une compétence liée », même si la proposition du président n'est, dans les faits, que « très exceptionnellement discutée » ; elle emporte une intervention importante de l'administration centrale dans le processus de recrutement698(*). La commission considère que la nomination du DGS doit relever des établissements, sous la forme d'une décision du président ou du conseil d'administration sur proposition du président. Il en va de même pour les autres postes de direction dont les titulaires demeurent nommés par l'autorité ministérielle699(*).
b) Donner la maîtrise de l'offre de formation et des capacités d'accueil
La maîtrise de leur offre de formation et des capacités d'accueil constitue également une condition essentielle du renforcement de l'autonomie des établissements.
La détermination des capacités d'accueil des formations de premier cycle par le recteur agit trop souvent comme un frein à leur adaptation. Elle tend à faire prévaloir une logique de flux, destinée à accueillir le plus grand nombre de bacheliers, sans considération des moyens dont disposent les établissements ni des résultats des formations. Or, comme le relève Carine Bernault, les capacités d'accueil « ne peuvent pas être ajustées seulement à partir d'une logique de flux, de pression de la demande ou de remplissage » ; leur détermination doit résulter d'une appréciation fine « au regard des conditions réelles de formation : taux d'encadrement, locaux, équipements, organisation pédagogique, capacité d'accompagnement et objectifs de réussite »700(*).
Cette situation prive les établissements de l'agilité nécessaire à l'adaptation de leur offre de formation à l'évolution des besoins de formation et à leurs moyens.
La maîtrise par les établissements de leurs capacités d'accueil s'inscrirait dans un changement de paradigme, visant à mettre fin à la situation où l'université est « à elle seule la variable d'ajustement instantanée du système global de l'enseignement supérieur »701(*). Elle devrait s'effectuer dans le cadre d'un dialogue mené avec l'État, notamment à l'occasion de la conclusion des Comp. Elle impliquerait également la mise en place, dans chaque établissement, d'un processus interne d'évaluation de l'offre de formation, qui n'existe pas dans toutes les universités - certaines admettant que « ces capacités [d'accueil] ont parfois été reconduites d'une année sur l'autre sans réexamen approfondi »702(*). L'offre de formation et son adaptation feraient l'objet d'une évaluation dans le cadre du dialogue rénové avec l'État exposé précédemment : une telle responsabilisation des établissements constituerait une incitation forte pour lever les freins internes à l'évolution de l'offre de formation, dont Thierry Coulhon relève qu'elle est « plus déterminée par les choix des enseignants-chercheurs que par les besoins des étudiants »703(*).
Une telle évolution devrait s'accompagner d'un renforcement de la liberté pédagogique des universités, notamment en ce qui concerne la réglementation relative aux diplômes nationaux qui, à l'instar de l'arrêté « licence »704(*), impose certaines modalités pédagogiques, comme l'organisation des cursus en semestres, dont certains interlocuteurs ont pointé les limites s'agissant de la L1, ou encore prescrit certaines modalités du contrôle des connaissances et des compétences.
Elle devrait également aller de pair avec la réforme de la procédure d'accréditation des diplômes nationaux engagée dans le cadre du projet de loi relatif à la régulation de l'enseignement supérieur privé, en cours d'examen par le Parlement. Particulièrement lourde, cette procédure se caractérise par des délais importants, puisqu'il s'écoule deux ans et demi en moyenne entre le dépôt de la demande et la publication de l'arrêté d'accréditation (cf. supra).
c) Généraliser la dévolution du patrimoine immobilier
Le processus de dévolution du patrimoine immobilier doit être mené à son terme, dans la perspective d'une généralisation de la propriété des universités sur leur patrimoine immobilier.
La rapporteure ne méconnaît pas l'ampleur des défis en la matière, notamment au regard du coût associé à la mise aux normes du bâti universitaire, ni les réticences de certains établissements, qui redoutent de se voir transférer des charges plus que des marges de manoeuvres - et font parfois valoir le caractère peu valorisable de leur immobilier. Elle partage néanmoins le constat du rapport des Assises du financement des universités, selon lequel la dévolution, qui est un « outil essentiel de l'autonomie stratégique des établissements », constitue « le modèle le plus adapté pour relever les défis présents et à venir »705(*).
L'achèvement de ce mouvement de dévolution ne pourrait avoir lieu que dans un cadre financier incitatif et de long terme, établi dans le cadre d'une contractualisation entre l'État et les établissements.
Afin de permettre aux universités de réaliser les investissements nécessaires, la dévolution du patrimoine immobilier devrait également s'accompagner d'un élargissement des possibilités de recours à l'emprunt.
d) Encourager le développement des ressources propres
L'augmentation des droits d'inscription proposée par la commission (cf. supra) ne saurait constituer, à elle seule, une réponse au sous-financement des universités. Elle doit s'inscrire dans un mouvement plus général de développement des ressources propres des établissements, destiné à renforcer leur autonomie financière sans affaiblir la responsabilité première de l'État dans le financement du service public universitaire.
Le renforcement de la capacité des établissements à mobiliser des ressources propres - financements compétitifs, formation continue et en alternance, taxe d'apprentissage, levée de fonds, valorisation du patrimoine ou des produits de la recherche, etc. - devrait constituer un objectif prioritaire dans le cadre de la nouvelle démarche de contractualisation706(*).
Il s'agit moins de faire reposer le financement des universités sur ces ressources que de leur permettre de disposer de marges de manoeuvre supplémentaires, librement mobilisables au service de leur stratégie propre.
En particulier, la formation continue présente un potentiel de développement encore largement inexploité, alors que la transformation des métiers devrait fortement accroître les besoins en la matière. Si cette activité se heurte encore à des freins d'ordre organisationnel ou réglementaire, certains établissements ont adopté des modèles originaux, à l'instar de l'université Paris-Panthéon-Assas qui a confié son activité de formation continue à une filiale créée à cet effet, ce qui a permis, selon son président Stéphane Braconnier, « de la gérer plus efficacement » et « d'accélérer considérablement » son adaptation aux besoins du marché du travail707(*).
Il conviendrait également d'encourager la mutualisation de certaines fonctions, à l'échelle du site ou de la région, en vue de favoriser le développement et le partage des expertises en la matière, aujourd'hui inégalement réparties entre universités.
e) Permettre l'exercice à la carte de nouvelles missions tournées vers la vie étudiante et l'accompagnement des étudiants
La commission estime enfin nécessaire de permettre aux établissements volontaires d'exercer de nouvelles missions en lien avec la vie étudiante708(*), comme le logement étudiant ou la restauration. L'exercice de ces missions pourrait s'accompagner d'un transfert de compétences des Crous et des financements associés.
Il s'agirait de rapprocher les universités françaises de certains modèles étrangers où les établissements proposent une offre exhaustive de services aux étudiants709(*), ce qui peut participer de l'attractivité de certains sites.
La rapporteure relève que certains établissements mettent déjà en oeuvre des politiques propres en matière d'accompagnement des étudiants, à l'instar des centres de santé ouverts par Aix-Marseille Université au bénéfice des étudiants710(*).
Recommandation n° 8 : Opérer un véritable « acte II » de l'autonomie des universités
- Définir une nouvelle stratégie nationale de l'enseignement supérieur déterminant les objectifs et les priorités de cette politique publique et accompagnée d'une programmation pluriannuelle des moyens ;
- Refonder les relations entre l'État et les universités dans une logique de contractualisation alignée sur les mandats des présidents d'université et assortie d'une évaluation rigoureuse ;
- Rééquilibrer la part respective des financements récurrents et compétitifs dans les ressources des universités ;
- Renforcer l'autonomie des universités dans la gestion de leurs ressources humaines et de leur offre de formation, en leur permettant notamment de fixer leurs capacités d'accueil, et mener à bien la dévolution du patrimoine immobilier, en facilitant le recours à l'emprunt ;
- Encourager la diversification des activités et des ressources propres des universités, notamment en matière de formation continue ;
- Permettre l'exercice de nouvelles missions à la carte (vie étudiante, logement, etc.).
* 689 Réponse au questionnaire de la rapporteure.
* 690 Audition du 26 mai 2026.
* 691 Cour des comptes, La direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et la direction générale de la recherche et de l'innovation, Relevé d'observations définitives, mars 2026.
* 692 Audition du 16 juin 2026.
* 693 Audition du 6 mai 2026.
* 694 Réponse au questionnaire de la rapporteure.
* 695 Il existe deux plafonds d'emplois distincts : un plafond « État » correspondant aux emplois permanents financés par la SCSP et un plafond pour les emplois financés sur ressources propres.
* 696 Rapport des Assises du financement des universités, p. 45.
* 697 Rapport des Assises du financement des universités, p. 46.
* 698 IGÉSR, L'encadrement administratif supérieur des universités : les directeurs généraux des services, rapport n° 2021-107, juin 2021, p. 114.
* 699 À l'instar des directeurs des services communs de documentation (bibliothèques), nommés par le ministre en vertu de l'article D. 714-33 du code de l'éducation.
* 700 Réponse au questionnaire de la rapporteure.
* 701 Rapport des Assises du financement des universités, p. 72.
* 702 Réponse au questionnaire de la rapporteure.
* 703 Réponse au questionnaire de la rapporteure.
* 704 Arrêté du 30 juillet 2018 relatif au diplôme national de licence.
* 705 Rapport des Assises du financement des universités, p. 54.
* 706 Les nouveaux Comp à 100 % incluent un indicateur relatif au taux de ressources propres de l'établissement.
* 707 Audition du 7 avril 2026.
* 708 L'article 7 du projet de loi n° 313 (2025-2026) relatif à la régulation de l'enseignement supérieur privé, adopté par le Sénat le 1er juin 2026, ajoute l'organisation de la vie étudiante aux missions assurées par les établissements relevant du service public de l'enseignement supérieur.
* 709 Centre d'analyse stratégique, Quels services rendus aux étudiants par les universités ?, Note d'analyse 292, octobre 2012.
* 710 Audition du 14 avril 2026.