III. DEUX CHANTIERS STRUCTURELS QUI SUIVENT LEUR COURS : LA GOUVERNANCE ET LA SIMPLIFICATION DE LA RECHERCHE
A. DES AGENCES DE PROGRAMMES EN ORDRE DE MARCHE, QUI DOIVENT DÉSORMAIS DÉPLOYER LEURS POTENTIALITÉS
Nées du constat d'un déficit de pilotage stratégique de la recherche publique, les agences de programmes ont pour mission d'identifier les priorités stratégiques de recherche par une approche prospective, de mettre en oeuvre des programmes nationaux de recherche sur les priorités retenues, de fédérer l'ensemble des acteurs de la recherche autour de ces programmes.
Sept agences de programmes ont été créées au début de l'année 2024.
Les agences de programmes, dont la rapporteure rappelle qu'elles ne sont pas de nouveaux opérateurs de l'État dotés de la personnalité morale, se sont structurées autour du même schéma de gouvernance : présidence par le dirigeant de l'ONR-pilote, nomination d'une direction exécutive, installation d'un comité des partenaires - équivalent d'un conseil d'administration, mise en place d'un comité de liaison avec l'État - instance d'interface avec les ministères. Au-delà de cette architecture commune, chaque agence a ses propres spécificités d'organisation, découlant notamment de son intrication plus ou moins forte avec son ONR-pilote.
Auditionnés par la rapporteure, les dirigeants des ONR-pilotes dressent un premier bilan globalement positif des agences en termes de gouvernance : fluidité des relations avec les ONR-pilotes, dialogue et coordination entre les partenaires, chacun reconnaissant la valeur ajoutée qu'il y a à travailler en commun sur des priorités stratégiques de recherche, relations fructueuses avec l'ANR, dans une logique de complémentarité entre recherche par programmes (dite « dirigée ») et recherche sur projets.
Tout le défi réside désormais dans la capacité des agences à faire vivre cet esprit collaboratif et à jouer leur rôle de chef de file, sans donner le sentiment d'exercer un monopole, sans générer davantage de complexité et de lourdeur administratives, sans bloquer la prise de décision et le pilotage stratégique ;
La rapporteure trouve particulièrement intéressant le principe de subsidiarité adopté par l'un des ONR-pilotes : l'agence de programmes se positionne comme un maître d'ouvrage qui confie des missions à ses partenaires maîtres d'oeuvre les plus pertinents selon les sujets.
Entre le printemps et l'automne 2024, les agences ont fait remonter plusieurs propositions de programmes nationaux de recherche, dont 15 ont été validées en juin 2025 par l'État. Une enveloppe de 300 M€ leur a été réservée en 2024 sur les crédits de la mission France 2030. Celle-ci s'ajoute aux financements consacrés aux premiers programmes et équipements prioritaires de recherche (PEPR) (3 Md€ dont 2,45 Md€ déjà alloués).
Alors qu'en 2024, une augmentation de cette enveloppe avait été envisagée via des redéploiements de crédits au sein de la mission France 2030, son montant n'a, à ce jour, pas progressé, ce qui, d'une part, génère de l'incertitude pour les programmes déjà engagés en cas de dépassement de l'enveloppe initiale, d'autre part, pose la question du support de financement de la prochaine vague de programmes. Aussi la rapporteure appelle-t-elle l'État à donner de la visibilité financière à la recherche « dirigée ».